首先要坚持健康养殖，按规程操作，防病于未然。其次要做好预防工作，搞好人工免疫，一般在进箱前进行注射草鱼“三大细菌病”组织浆灭活疫苗和草鱼出血病组织浆灭活疫苗，以0.2毫升～0.5毫升不等，8厘米以上的鱼种即可注射，以背鳍基部和腹鳍基部注射为主。
同时，鱼种入箱前要用食盐水浸体消毒，还要定期消毒防病，每隔10天左右投喂药饵一次，连喂3天～5天，以预防鱼体内的寄生虫；每隔10天～15天，每个网箱用生石灰150克～200克化浆趁热全箱泼洒，以净化水质。每月使用杀虫药和杀菌药全箱泼洒。
高温季节，可采用在网箱四周挂袋方式，药物可选用溴氯海因、硫酸铜与硫酸亚铁合剂等。另外，注意青饲料必须经消毒后再进行投喂。坚持投喂优质饲料，不投喂变质、过期饲料。
网箱养殖草鱼一般易患水霉病、赤皮病、烂鳃病、肠炎病、出血病等，发病时宜请专业技术人员正确诊断，对症下药，不可有病不治或乱治，人为造成损失。
