在自然界或人工养殖环境中，蚯蚓的病害和天敌较多，如各种食肉的野生动物、鸟类、爬行动物、两栖类，各种节肢动物和其他环节动物以及各种寄生虫，包括各种绦虫、丝虫、线虫和寄生蝇类、蜡类和其它病菌，各种鼠类、黄鼬（又叫黄鼠狼）、狸、灌、野猪。尤其各种鼠类如家鼠、田鼠、黄鼬等均非常喜食蚯蚓，并善于打洞，常钻进养殖场所大量食取蚯蚓和饲料，对养殖蚯蚓威胁很大。在野外养殖蚯蚓，许多鸟类喜食蚯蚓，也会造成一定的危害。蛇、蛙和蟾蛛也喜食蚯蚓。
各种节肢动物、昆虫等常危害蚯蚓，尤其是各种蚂蚁，不仅喜食蚯蚓，而且也取食饲料，在饲养箱或料堆建巢，对幼蚓威胁较大，有时也常常将蚓茧拖人蚁巢中食用。许多蜘蛛、多足动物、陆生软体动物，如蜈蚣、马陆、蜗牛和蛞蝓等也会食取蚯蚓或捕杀蚯蚓。
此外，许多绦虫、线虫的中间宿主为蚯蚓，为完成其生活史必须从蚯蚓体内度过，吸取蚯蚓体内营养，也会对蚯蚓造成危害。
有些寄生蝇类将卵产于蚯蚓体内。据报道有一种寄生性黑蝇，能把卵产于日本异唇蚓的体内，并在蚓内孵化幼虫，而食取蚯蚓体内的营养，最后引起蚯蚓死亡。还有一些原生动物，如线虫，常寄生于蚯蚓的食道、体腔、血管，各种生殖器官内和蚓茧内，这些都是危害蚯蚓的主要寄生虫。当然还有一些细菌、病毒和微生物也会引起蚯蚓发病，不过较少。
