菇房在使用前都要进行严格的消毒处理，消毒的方法很多，可根据具体条件选用。
硫磺熏蒸：一般是先将菇房密封好。然后点燃硫磺熏蒸，l立方米约使用15克硫磺，此法最简单。
甲醛、高锰酸钾熏蒸：同样将菇房密封好，l立方米使用甲醛10毫升加高锰酸钾4克。甲醛杀菌力强，杀虫效果较差，但刺激性很强，消毒处理时，操作人员要注意防护。
漂白粉喷雾：漂白粉1公斤加水30公斤喷雾。此法较为简单，不需要密封菇房，同时杀菌力和渗透性较强，消毒效果较好。但溶液要随配随用，否刚会降低杀菌效果。漂白粉有腐蚀作用，操作时要注意防护。
波尔多液喷雾：使用浓度为1％，即硫酸铜1％，加石灰3％，用水配制而成，每111平方米用量25公斤。老菇房往往由于连续使用，病虫、杂菌多，每次使用前，要特别注意严格消毒，否则会污染杂菌或使害虫孳生，而给生产带来损失。
