（1）选择新鲜、干燥、贮存管理好的培养料。含病菌数量相对较少，适应于生料栽培，但贮存期限较长，受潮结块的培养料，含病菌数量会比较多，若未经杀菌处理，直接用于生料栽培，则极易造成杂菌污染。
（2）选择优质、抗性强的菌种。
（3）菌种发满菌立即使用，否则会因菌龄过长，形成很厚的老化菌皮或遇到低温导致种袋大量出菇，菌丝萌发慢，菌丝抗污染能力低，杂菌污染率肯定会高于低龄菌种。
（4）栽培管理要注意温度的控制。平菇菌丝适宜发菌温度在20～26℃之间，温度高于35℃，则菌丝停止生长，此时应注意及时倒垛，严防烧堆，温度高于40℃，菌丝会很快死亡，鬼伞等杂菌就会大量发生。发菌温度低于15℃，平菇菌丝生长很慢，而绿霉菌等杂菌则发生机会高，应尽量调整菌袋的发菌温度在适宜的范围之内。