在平菇栽培过程中会发生绿霉、青霉、毛霉和链孢霉等多种杂菌侵染及菇螨、菇蝇和菇蚊等多种害虫危害，有时甚至造成绝产。平菇是速生鲜嫩食品，不宜使用残效期较长的农药和剧毒农药。采用无公害防治技术防治病虫害，对于生产安全健康的食用菌产品有着重要意义。
1.环境卫生 食用菌栽培所用器具、物料可移入菇棚，用甲醛密闭熏蒸灭菌、杀虫，消灭有害菌源、虫源。
2.原材料处理。降低病虫基数 用于平菇栽培的原材料，使用前最好先进行预处理。可选择晴朗天气暴晒2～3天，利用紫外线杀灭病菌和虫卵。也可对培养料进行发酵处理，依靠生物热能杀死低温微生物及虫卵，使培养料内的病原菌和虫卵降至最低水平，减少侵染机会。
3.生态调节，强碱抑菌 微生物多喜欢中性偏酸的环境。对减性环境的耐受力，不同的菌类耐性不同，差异较大。平菇的耐碱性远大于常见杂菌，可采取增强培养料碱性的办法，在不影响平菇菌丝生长的前提下，减缓或抑制杂菌的生长速度，让平菇菌丝迅速占满培养料而限制杂菌。实践证明，在培养料中加入3%～4%的生石灰，可明显抑制杂菌的生长，而对平菇菌丝几乎没有影响。
4.控氧绅菌 平菇属好气性真菌，但菌丝耐二氧化碳能力较强。适当限制氧的供应，对控制杂菌有较好的效果。袋式栽培装料时松紧要适宜，通气孔打在菌种处，使料内具有较高的二氧化碳浓度，抑制料内杂菌繁殖，达到控制杂菌的目的。
5.采收后处理平菇采收后，及时将残根、脱落的培养料及萎缩的幼菇清除干净，以免滋生杂菌。若发现料面有杂菌污染，可用毛刷蘸浓石灰水轻轻沾除，并在长杂菌的地方涂上浓石灰水，以防止杂菌进一步扩散。
