猪舍发酵床主要由有机垫料制成，有机垫料的主要成分包括稻壳、锯末、木屑或切短铡碎的秸秆、土和少量粗盐。锯末或木屑约占垫料总重的90%，其质地松软，可吸收水分多。其他10%是土和少量的粗盐。
一般猪舍中垫料的总厚度约为70厘米~100厘米，有条件的可先铺30厘米~40厘米厚的木段作为疏松通气底层，然后铺锯末或木屑。若木屑来源不足，也可先铺30厘米~50厘米厚的玉米秸秆或30厘米厚的稻壳，然后再铺木屑，泥土的用量约占垫料总重的5%~10%，要求使用未施过化肥和农药的干净泥土。垫料中一定要加适量的粗盐，因为粗盐含有丰富的矿物质，有利于微生物的繁殖，有利于木屑的分解，用量为垫料总重的0.1％~0.3%。
将微生物发酵菌种、木屑、泥土按一定比例混合，加入一定量的活性剂、食盐和水，有条件的还可加入少量的米糠、酒糟等，水分调节在60%（用手紧握材料，手指缝隙湿润，但不至于滴水），以保证功能微生物菌种能够大量繁殖，进猪前检查垫料表层湿度，以不起灰尘为宜。20天后，猪舍床底层进入自然繁殖状态。
在发酵过程中，猪舍床的底层温度可达到50℃~60℃甚至更高，足以杀死病原菌。而50℃的高温不会伤害而且有利于乳酸菌、酵母菌、光合作用细菌等益生菌的繁殖。猪进圈前要把床面材料搅翻以便使其散热，使表层温度控制在25℃~30℃。只有在垫料完全发酵成熟后才能保证健康养猪。
发酵床建成后垫料一般可以保持3年左右时间不用换，表层垫料可根据需要和实际情况，每出一批猪清理更换一次，可用作优质有机肥料。
合理使用活性剂可使发酵床的利用形成良性循环。但其使用与否，视不同的发酵菌种而定，有的发酵菌种，因其活性强，一般不需使用活性剂。发酵床经过一段时间的使用之后，当微生物活性降低时，即可按说明书将发酵菌种用活性剂稀释至适当的比例，泼洒到发酵床床面，以便提高微生物菌种对排泄物的降解、消化速度。平时若发现猪只大便堆积较多，也可再加撒一点已用活性剂稀释后的发酵菌种，促使其加快对排泄物的分化降解，活性剂使用要适合发酵床中微生物的种类，并根据猪舍实际情况使用，无必要时可不用。
