肉鸡多为平养或散养，潮湿拥挤，致使球虫病的发病率高达50-70%，死亡率为20-30%，严重时高达80%球虫病是肉鸡整个饲养过程中很重要的疾病之一。
肉鸡球虫病暴发后，生物安全措施不能及时到位，且由于耐药性原因，所以很难在短期内治愈所以单靠治疗是不能有效控制球虫病的，必须采取综合措施。
做好消毒工作。合理使用消毒药和消毒方法，选用火碱和火焰消毒法效果明显。
推广网上平养。球虫病是鸡啄食了被粪便虫卵污染的饲料饮水等而引起感染，肉鸡接触地面更加大了感染机会，所以建议采用网上平养，可大大减少球虫病的发生。
加强对地面散养肉鸡的管理。为了降低球虫病的发生，要加强对垫料的管理，保持清洁干燥，加强通风换气。
药物预防。由于球虫发育史的特点，必须及早采取措施进行预防。对肉鸡一般从第二周开始用药，连用5-7d，停药3-5d，再用5-7d为一个疗程。但是各种抗球虫药在使用一段时间后，由于球虫的遗传变异，会使球虫产生耐药性，所以在生产中常采用下列方案来防止球虫耐药性的产生。方案一穿梭用药，如1～4周龄时使用一种化学药物（如氨丙啉、尼卡巴嗪），4周后至屠宰前使用另一种药物（如氯苯呱、磺胺类、妥曲珠利等）；方案二轮换用药，一般先用作用于第一代裂殖体的药物，如氯羟吡啶、氨丙啉，再用作用于第二代裂殖体的药物，如磺胺类、尼卡巴嗪等；方案三配合用药，是把作用于第一代裂殖体的药物与作用于第二代裂殖体的药物配伍在一起使用，并配以辅助药物使用。