肉鸡种蛋应来源于高产、健康的种禽群，种蛋受精率应达到该品种的要求，一般受精率应在90%以上。蛋形指数要求(长径/横径)以1.33～1.35为宜，剔除畸形蛋、双黄蛋。蛋重一般要求白壳蛋应大于50克，褐壳蛋大于52克，地方品种蛋应大于48克。蛋壳颜色要符合本品种特征，剔除钢皮、沙皮、花皮、软皮蛋，破损蛋，裂纹蛋。此外，被粪便等脏物污染的蛋不可做种用。
1.种蛋选择
种蛋选择的方法主要有外观筛选法、听声法、照蛋透视法和剖视抽验法，并分三次进行。第一次选择：饲养员在鸡舍内剔除破损、污染、过小、双黄蛋及畸形蛋；第二次选择：种蛋入库时剔除第一次选择漏选的不合格种蛋及搬运过程中破损蛋；第三次选择：种蛋入孵时剔除上两次漏选的不合格种蛋及运输途中的破损蛋。
2.种蛋保存
种蛋应大头向上，在3天内入孵或运输的不必翻蛋，若保存时间超过3天时，则需每隔2天翻蛋1次，侧向翻转90度。种蛋保存的适宜温度随保存时间长短而异。保存期小于3天时，适宜温度为15℃～18℃；保存期在3～7天时，适宜温度为12℃～15℃；若保存期更长时，则以10℃～12℃保存为宜。种蛋存放适宜的相对湿度应为70%～80%。种蛋保存的最佳时间应小于3天，较适宜的时间为4～7天。
3.种蛋运输
将种蛋妥当包装好，可缓解震动对种蛋的冲击，便于搬运和码放。同时，种蛋运输、装卸要快速平稳，车辆要匀速行驶，避免急刹车或急拐弯。冬季运输时要注意保温、防潮，夏季天热要防止种蛋过热和阳光曝晒，阴雨天要带防雨工具，以防受潮。
4.种蛋消毒
种禽场一般每隔1小时收集一次种蛋，并及时消毒；种蛋码盘后，应在孵化器里进行第二次消毒；孵化期胚蛋移盘后在出雏器中进行第三次消毒；出雏后有5%的雏禽绒毛未干时进行第四次消毒。