进入深秋后，昼夜温差较大，易使鸡群处于应激状态，导致鸡群抵抗力下降，外界病原微生物可趁机侵入鸡体内或侵入鸡体的病原微生物迅速繁殖，威胁鸡群健康。因此深秋季节，应加强对蛋鸡的饲养管理和免疫预防。
一、饲养管理
1.防寒保温
产蛋鸡舍适宜的温度是13℃-25℃，最低温度不要低于8℃，因此严控昼夜温差引起鸡舍温度的较大起伏，否则易引起感冒和慢性呼吸道等疾病的发生。鸡舍内空气质量评价标准是二氧化碳浓度低于0.3%，一氧化碳浓度低于10ppm，氨气浓度低于10ppm，悬浮尘埃数不高于每立方米3.4毫克。舍内的适宜湿度在50%-70%，湿度太低时舍内悬浮尘埃量增加，而湿度过大又可能导致舍内氨气浓度升高。若鸡舍内空气质量达不到上述标准，则需要增加通风量。因通风量过大而导致鸡舍内温度偏低时，则需要采取供暖措施。
2.调整饲料
蛋鸡需要御寒，对能量需求量偏高，应适当提高饲料的代谢能。此外，蛋鸡采食量也偏高，可适当降低饲料中蛋白质和钙磷的含量，不能给蛋鸡机体造成一定的代谢压力。
3.保证光照
深秋季节，自然光照时间逐渐变短，应在早晨和晚上补光，使光照时间达到14-16小时，光照强度为10-20勒克斯。
4.疫情监测
蛋鸡在寒冷秋季易诱发禽流感、新城疫等病毒性疾病，定期做好禽流感、新城疫抗体水平检测工作，一般按1%采血或筛选鸡蛋检样，检测周期一般为1-2个月。
二、疫病防控
1.败血性支原体与大肠杆菌
秋冬季鸡舍空气质量相对较差，当免疫接种等应激因素导致鸡呼吸道受损或机体抵抗力下降时，在鸡体内外广泛存在的支原体极易引发呼吸道疾病，表现为咳嗽、打喷嚏、眼流泪、眼睑肿胀等症状，剖检可见气囊炎。此外大肠杆菌往往与支原体混合感染。败血性支原体、大肠杆菌的预防主要是在天气骤变时，投喂抗应激药物或添加剂(如电解质、维生素或抗应激草药)。若发生疾病后，如病情偏重，可按照标本兼治的原则筛选药物(最好通过药敏试验筛选药物)，如在筛选消除表征如呼吸困难或腹泻症状的药物，同时又要筛选消除病原的药物，联合用药。
2.新城疫
制定免疫程序后，选择合格疫苗并采取正确的方法进行接种，定期作抗体检测，及时接种免疫，基本可以避免。
3.禽流感
禽流感的防控关键在病原控制上，具体措施是首先做好隔离，一是饲养人员与外界的隔离；二是鸡舍内鸡群与外界动物(主要是自然环境中的野禽)的隔离。采取自然通风的鸡舍，可在通风口或窗户上安装格栅以防止野禽飞入鸡舍；密闭式鸡舍也可在通风口增加滤膜。其次做好抗体检测，尤其是周边有发生疫情的报道时。其次及时清理粪物和定期对舍内消毒，然后定期投喂增加机体抗病力的添加剂。
蛋鸡疾病的防控重点是加强平时的饲养管理，给蛋鸡进行免疫接种和药物预防仅是辅助措施。通过加强饲养管理和使用天然低毒高效的添加剂，降低各种应激因素对鸡的刺激，提高蛋鸡的抗病力和生产性能。我国北方寒冷季节疫病防控的重点仍然是做好饲养管理和鸡群健康水平的检测，严控场外外来病原的侵入。