发酵床养鸡适用于平养的肉鸡和蛋鸡。立体蛋鸡笼养可以通过人工机械翻耙的方式进行发酵床养殖。
一、选择健康雏鸡
农户饲养肉鸡和雏鸡大都靠外购雏鸡，而购入雏鸡的好与坏，对育雏的效果影响很大，并直接影响养殖效益的高低。为提高育雏成活率，购雏时必须严把质量关，进行严格挑选，确保种源可靠、鸡种纯正和鸡苗健康，还必须保证来自非疫区。按照雏鸡“有膘、有毛、有骨、眼大有神、活泼好动”的标准进行选择，通过“一看、二摸、三听”的方法来鉴别雏鸡的强弱优劣。
二、控制好养殖密度
发酵床养鸡，一般控制养殖密度与传统养鸡略小一些，建议：每平方米1-7日龄33只，8-21日龄22-25只。25-35日龄14-16只，36-56日龄8-10只。另外，冬季可适当提高肉鸡饲养密度，以利于棚内温度的提高。
三、清洗消毒工作
养殖大棚在进雏鸡之前，要清洗消毒。如果是新建大棚则进行简单消毒即可，可用1小包毒菌清兑水50公斤进行喷雾消毒；如果是旧大棚，使用毒菌清1小包兑水20公斤，对栏舍、屋顶、墙壁、笼具、食槽、拌料场所和器具、周围环境进行喷洒消毒（不是垫料），要求对每一个地方喷湿透为止，并且最好相隔三天后再进行消毒一次。等消毒剂气味消失后（3天后），把垫料简单翻拌一下，以每平方米喷洒10倍稀释的保健液2公斤，表层垫料控制含水量在25%（看起来是湿的，但用力捏也捏不出水来，放在手上用口吹不起尘）。同时，入雏前要有预热过程，使育雏棚舍内温度保持在32-35℃。
四、经常观察粪便
发酵床养鸡不需要像发酵床养猪一样需要把粪便进行人工掩埋，基本都是鸡自己在用脚刨地的同时将自己的粪便掩埋在垫料中。但建议每20天进行10厘米深垫料翻动一次。发酵床养鸡不需要经常补充水分，即使在夏天也只需要2-3天使用100倍的保健液简单喷洒一次，不能喷洒鸡身。冬季、多雨季节可以长时间不喷洒，主要根据垫料表面的湿度来决定。
对于一般性个别鸡拉稀现象，应挑出来，进行隔离治疗，治愈后方可放回发酵床鸡舍。病鸡的排泄物需要清除，同时在拉稀粪便处撒（洒）上生石灰粉（或纯保健液）后将粪便与石灰埋入20厘米深的发酵床垫料中。
五、注意观察垫料薄厚和垫料表面湿度
发酵床垫料的添加，一般在每批鸡出栏后（或每3-4个月）补充极少量的新垫料（约5%），或者两批鸡出栏后补充一次（6-8个月）。这与其他发酵床技术（或菌种）每个月要补充约10%的新垫料不同。
添加的垫料可直接用惰性主原料（最好是锯末），加上清水和保健液菌种（每100公斤锯末需要添加50公斤水+1公斤保健液混匀方可使用）。表层垫料的含水量控制在25%-30%，一是保证鸡舍内不太潮湿，二是不能扬尘，如果扬尘，则会影响到鸡的呼吸系统。
垫料的厚度控制，随不同的季节而有所不同，冬天最好多加点垫料，以厚一些为好，夏天则可以减少一些垫料，以养殖舍内不臭为准。另外，如果养殖密度比较大，也要垫厚一些。
六、活力微生态垫料微生态平衡的维护
除了根据上面的垫料数量和含水量进行维护外，主要靠闻气味来诊断发酵床是否处于正常的运行状态。
正常运转良好的微生态垫料，气味应该清香、有原料味。如果垫料中有氨味和轻臭味，则说明可能粪便分解不了，排泄的粪尿超过了微生态垫料的消化能力，这时可通过以下4点解：①增加垫料厚度，特别是进入冬天，或天气转冷的天气情况下，靠别的措施无法根本解决；②添加活力菌种，如添加保健液，可在垫料表面洒入保健液，也可翻动垫料洒入到15厘米以内层中；每平方米洒入1-2公斤高活力保健液；③翻动垫料层，耙松垫料，增强发酵效果，这种做法是在垫料相对板结或垫料水分过高的情况下进行；④减少饲养密度，这种做法是在雏鸡进入中大鸡阶段，需要进行密度调整的情况下进行。
一个好的活力微生态垫料，可以连续使用3年以上，甚至10年，垫料如果板结加快，分解粪尿能力下降，可考虑更换垫料。更换时，挖出老垫料层上面的10-20厘米即可，最下层垫料气味正常，甚至有香味，可留作菌种源，不必更换，只要补充上层垫料即可。
七、大棚中的气温控制问题
发酵床养鸡肉鸡的适宜温度是：1-7日龄32-34℃，8-28日龄24-30℃，29日龄至出栏维持在21-35℃。调整温度的方法是通风，如用卷帘的方法来使大棚两头纵向通风，或开天窗进行垂直通风。定期通风，建议在每天中午温度较高时开窗通风，以降低舍内湿度也有助于排出多余的氨气、尘埃、二氧化碳等有害气体，从而减少鸡呼吸道及肠道疾病的发生。
八、大棚中光照强度和时间的控制
光照强度和时间，与发酵床本身没有关系，但也是养鸡当中必须重视的问题之一。光照的目的是延长肉鸡的采食时间，促进生长。建议采用下列光照时间，既不影响肉鸡生长又可提高成活率，即：1-2日龄24小时光照；3-42日龄16小时光照。43日龄后23小时光照。光照强度的原则要求由强变弱，1-7日龄应达到3.8瓦/平方米，8-42日龄为3.2瓦/平方米，42日龄以后为1.6瓦/平方米。前期光照强一些，有利于帮助雏鸡熟悉环境，充分采食和饮水；后期强光照对肉鸡有害，阻碍生长，弱光则可使鸡群安静，有利于生长发育。另外，为了使光照强度分布均匀，不要使用60瓦以上的灯泡，灯高2米，灯距2-3米为宜。
九、饮水与给料注意事项
雏鸡刚接入育雏棚时应先饮水后喂料。在3－5日龄内最好饮温开水，以后改饮凉水。除了投药和防疫需要限水外，饮水供应不能间断。饮水的质量要求新鲜、清洁、卫生。饮水器每天都要清洗和定期消毒。
刚进雏时饮水后2小时喂料。一般第1周每天喂8次，第2周每天喂7次，以后一直到出栏每天喂5-6次。0-3周龄用前期料，4-5周龄用中期料，6周龄至出栏用后期料。各阶段之间在转换饲料时，应逐渐过渡，有3-5天的适应期。若突然换料，则易使肉鸡出现较大的应激反应，引起鸡群发病。
饲料中添加微生物制剂的方法：可以按每吨饲料添加2包活力99生酵剂进行饲养，或者按饲料量的5%添加活力99保健液。两种添加方法可以同时使用，也可以单独使用。在饮水中添加微生物制剂的方法：可以在饮水中添加活力99保健液，添加保健液的量为饮水量的2%-5%。如果在饲料中已经添加了保健液，则在饮水中就不要添加保健液了，反之亦然；二者只能取其一。
十、防疫参考程序和用药参考程序
疾病防疫程序：4-5日龄鸡肾型传染性油乳剂灭活苗，每只鸡0.25毫升肌肉注射；79日龄鸡新城疫Ⅳ系苗+传支H120二联苗，点眼、滴鼻各1次（或同时每只鸡颈部皮下注射0.2毫升鸡新城疫油乳剂灭活苗）；14-16日龄法氏囊中毒苗1倍量饮水或法氏囊冻干弱毒苗双倍量饮水，26-28日龄法氏囊中毒苗双倍量饮水。
用药程序：1日龄口服补液盐、新金赛维饮水；2-6日龄在饮水中添加禽康宝，用量按说明使用，每天2次，以后每月用药1次，连用5天；8-12日龄在饲料中添加新咳喘素，以后每月用药1次，连用5天；15-17日龄用紫锥联抗饮水，并在饲料中添加痢疾速治散；15日龄以后交替使用多种抗球虫药（如马杜拉霉素、氯苯胍、盐霉素等），用药7天停5天；31-33日龄用紫锥联抗饮水。
遇到当地有疫情，要在空舍后对鸡舍进行正常消毒工作（消毒可以与保健液交替使用，但间隔时间需3天以上），或平时的消毒工作程序不能减，只要是表面消毒，一般都不影响发酵垫料内层的正常发酵力，鸡舍消毒过后，微生态垫料的发酵会正常进行，不受影响。