培育无病苗建立无病苗繁育基地，可减轻病害发生。合理栽植，适当稀植栽培，现蕾前行间盖上黑色塑料薄膜，对抑制菌丝体萌发。并注意田间卫生，及时摘除老叶和病叶，发现病株及时摘除，带出烧毁等。
调控好湿度合理灌水，保证通风，降低棚室内环境湿度，防止湿度难以控制而诱发芽枯病大发生。
药剂防治防治芽枯病可结合防治其他病害，在病害发生初期可用10%多抗霉素600～800倍液，或10%立枯灵300倍液，或敌菌丹600倍液灌根或喷雾。棚室内草莓发病，可每亩用5%的百菌清粉尘剂150～180克，分放5～6处，傍晚点燃密闭大棚过夜，连熏2～3次，间隔期7天。