苗木检疫：苹小吉丁虫是检疫对象，可随苗木传到新区。所以，应严格加强苗木出圃时的检疫工作，防止传播。
保护天敌：苹小吉丁虫在老熟幼虫和蛹期，有两种寄生蜂和一种寄生蝇，在不经常喷药的果园，寄生率可达36%。在秋冬季，约有30%的幼虫和蛹被啄木鸟食掉。
人工防治：利用成虫的假死性，人工捕捉落地的成虫；清除死树，剪除虫梢，于化蛹前集中烧毁；人工挖虫，冬春季节，将虫伤处的老皮刮去，用刀将皮层下的幼虫挖出，然后涂5度石硫合剂。
涂药治虫：幼虫在浅层为害时，应反复检查，发现树干上有被害状，就在其上用毛刷一刷即可。药剂可用80%敌敌畏乳油10倍液；80%敌敌畏乳油用煤油稀释20倍液。
喷药杀成虫：在苹小吉丁虫发生严重的果园，单靠防治幼虫往往还不能完全控制其为害，应在防治幼虫的基础上，在成虫发生盛期连续喷药，如：20%杀灭菊酯乳油2000倍液、90%敌百虫1500倍液等。对被害严重的并已近枯死的枝条剪除，以减少虫源。