秋季鱼种体质健壮，容易适应网箱环境，同时，大水面沉箱越冬，不仅鱼体重消耗比池塘越冬的少，而且春季起箱后，5摄氏度左右鱼即开始吃食，生长期较春季进箱的鱼延长了一个月，鱼体生长速度快，产量明显提高。鱼种秋季进箱越冬操作要点如下:
进箱时间一般在9月下旬至10月上旬，水温以15-18摄氏度为宜，不得低于10摄氏度。进箱前的消毒工作可与鱼种运输结合进行。
鱼种进箱鱼种进箱前7-10天，将完整无破损的双层网箱放入水中，使网箱能附着一层藻类或沉积物质，然后再放鱼种，以减少新网箱擦伤鱼体的机会。鱼种进箱喂一段时间药饵，使鱼种在起捕和运输过程中受伤部位得以及时恢复，减少因感染而发生鱼病。
沉箱越冬沉箱越冬前一定要饲喂，直到鱼儿不吃为止（水温5-6摄氏度），保证鱼种越冬前体质健壮，不要因过早停食造成鱼体质衰弱。网箱下沉的时间掌握在水温4摄氏度左右时。这时水体上下温度基本一致，上下层对流结束，鱼下沉时不会因水层变动产生不安现象。