秋季水温适宜，是鱼种生长旺季，秋季鱼种管理应抓好清塘、分养、稀放、投饵等工作。
一、清塘
经2~3个月培育鱼种的池塘，一般水质老化，天然饵料减少，硫化氢等有害物质及病原菌增多。入秋后应将鱼种转入经过清塘消毒的池塘进行培育。水源鱼塘周转有困难的地方，可将鱼种全部转出暂养，再对原塘每亩用生石灰75~100公斤消毒，并按常规方法进行水质培肥，待药性消失后再将鱼种转回。
二、分养
鱼种要按不同规格调整分养，做到同池所放鱼种规格一致。由于规格大的鱼种食量大，抢食力强，如同时放有小规格鱼种，则小鱼会因得不到足够饲料而体质下降。16厘米以上的鱼种，可投放成鱼池套养，偏小鱼种需专池培育。
三、稀放
秋季育出规格较大鱼种，是提高鱼种越冬成活率的重要一环。应根据水面大小、水深等条件合理稀放，促进鱼种生长。水深1.5米的池塘，亩放7~8厘米鱼种4000~6000尾，饲养至年底体长可达13~17厘米。
四、投饵
秋季气候稳定，水温昼夜变化小，鱼种摄食量大，生长迅速，必须保证饲料供应。在以食草鱼种为主，搭配鲢、鳙鱼的鱼种池，应以投青饲料为主，适当投喂精料。每天每万尾草鱼投喂小浮萍、嫩旱草或水草70~90公斤，精饲料1.5~2.5公斤。先投青饲料，后投精饲料，以避免草鱼与其它鱼争食。投饵要做到保质、定量、定时、定位。对混养的鲢、鳙鱼需定期施肥，每10~15天施肥1次，每亩施经过发酵的人畜粪70~90公斤。池水透明保持在30~35厘米。以鲢、鳙鱼种为主，搭配草鱼的鱼种池，应以施肥为主，投饵为辅。除施基肥外，每隔5~10天施追肥1次，每亩施腐熟人畜粪80~100公斤。