枸杞树经过一年的生长，枝杈繁多，树冠凌乱，而且在新果枝形成的同时，一部分结果枝已经开始衰老。因此，枸杞需要在冬季进行修剪，否则将影响第二年的产量和品质。通过修剪，去旧换新，选留结果力强的老眼枝和七寸枝，剪除非生产性的枝条，可为下一年老眼枝结果和生长出新的结果枝打下良好的基础。
剪顶 为了管理方便，需要通过剪顶控制树体高度。一般树体高度应控制在１～８米。树冠上部有空间的部位要短截徒长枝，保留２０厘米左右枝桩，以利发枝，补充树冠。没有保留价值的徒长性枝条要从基部剪掉。
截底 为了便于枸杞园的土壤管理，不使下垂枝上的果子霉烂，应对树冠基层着地的枝条在距地高３０厘米处短截。
清膛 树冠内部的细弱枝要去掉，密挤枝适当疏剪，保持良好的通风透光条件，以利于果实生长发育。
修围 就是对树冠结果枝层的修剪。主要是选留良好的结果枝，剪除结果枝层的老枝、针刺枝、病虫枝、风折枝、交叉枝、重叠枝和密挤枝。修剪时要根据新果枝的多少来决定老枝的取舍。若新枝多，老枝可以回缩到健壮分枝处。
冬季修剪宜轻不宜重，不要短截太多。因为枝条顶端１６～５０厘米处是第二年结果最早的芽眼，结果枝短截太多，直接影响明年春果的产量。为做到不漏剪，应从上到下，围绕树冠顺一个方向精细修剪。
