猴头菇因形似猴头、味道鲜美而得名，素有“山珍猴头，海味燕窝”之称。在菌种生产或转接过程中，由于灭菌、消毒、接种、培养等环节的不慎，有时会出现污染菌种。若将污染菌种弃之野外，又会造成环境污染；若掏出培养基，洗净菌种瓶待用，又费工费时。但若用污染菌种来栽培猴头菇，则可变废为宝，取得事半功倍的效果。具体方法如下：
1.收集污染菌种、灭菌。将污染的菌种及时挑出，数量集满20瓶（袋）左右时采用手提式高压锅灭菌，或在蒸菌包时与菌包一起灭菌。方法是：先将瓶内培养基用力抖动，使之结构疏松，再将废菌种瓶放置在高压锅中，瓶间留有空隙，不可堆放过紧，以利蒸汽循环，灭菌彻底。当压力表指针指到0.05时，打开放气阀，集中排出冷空气。当压力降到零时，关闭排气阀进行升压灭菌，自动放气后保持1小时。其间电煤两用高压锅都可利用关炉门、拉开关豆粒大小后用报纸包成团。塞子的大小要视菌袋大小而定，大袋用大塞，小袋用小塞，还要看发菌温度，发菌温度低时塞可小些，反之应大些。
二是套环法。可购买喇叭口环，套住菌袋后加棉塞，如买不到喇叭口环，也可用塑料打包带自制的方式来控制火力和电量，使指针达到要求而不自动放气，既节约能源，又避免自动放气时菌种瓶中的封口纸及棉塞冲出，还可保证高压锅内水不干，而不烧坏高压锅。灭菌时间达到后，停火，当高压锅指针回零后，取出菌种瓶和猴头菇栽培种一起放置在接种箱中消毒。
2.消毒、接种、培养。接种箱按每立方米空间使用40%甲醛溶液10～12毫升加高锰酸钾5～7克混合反应消毒30～50分钟，接种时先用酒精消毒手和接种钩，再用酒精灯外焰烧接种钩至红热，待微冷后钩出适量猴头菌种放在已揭开封口纸和棉塞的菌种瓶中，迅速封口即可。接好种的菌种瓶竖放在已遮光的室内架上或平台上发菌，发菌期间经常通风换气，杀灭菌蚊、菌蝇。尽量使培养室温度达到猴头菌丝生长适宜温度20～25℃，约25天左右菌丝长满瓶。继续养菌5～7天，使菌丝生长充分成熟，有利于出菇整齐，提高（截成段，用烙铁焊成环），外用牛皮纸加橡皮筋封口。注意，套环要套牢固，防止脱落。
三是通气孔法。用缝纫机针在距离袋口6厘米处各扎一排孔，孔距约1厘米。在装料时将菌种播在扎孔处即可。扎孔不可过多，并注意在扎孔时不要操作菌袋，否则菌产量，当培养基表面有少量子实体原基出现时，应及时进行出菇管理。
3.出菇管理。猴头菇子实体形成温度是20℃左右，盛夏最好将菌种瓶放在山洞或阴暗的环境中出菇。菌种瓶横卧成层摆放平稳后，揭开封瓶口的纸，湿度保持在85%～90%，可采用喷雾法，晴天喷4～5次，天气潮湿可适当少喷。若遇气候干燥，可直接对子实体喷雾，雾点越细越好，以利于促进子实体生长。同时还需要给予一定的散射光并经常缓慢地通风换气。
4.采收与加工。当子实体球块基本长大，菌刺长约1厘米左右时，就要及时采收，采收时用小刀从瓶口内切下，采收后应及时把瓶内的培养基表面耙一耙，使菌丝得到充足的空气，刺激下一批子实体很快形成，只要湿度适宜，经8～10天又长出子实体，一般可采收3～4次。采收后的子实体，如不鲜售，应及时送到收购部门，以防发热变质，避免日晒和机械损伤。如果自行加工，应及时将子实体放在透气通风的竹席上晒干，如遇阴雨天气用火烘烤，烘烤时应保持菌刺完整，以免降低品质，当其充分干燥后，立即装入塑料袋内密封，以免受潮发霉变质。
