蘑菇、香菇之类的食用菌，供食用主要部位是菌盖，而金针菇却以菌柄为主，所以菌柄又长又嫩，如黄花菜般的金针菇则为上品。采收时不宜太早或过迟，太早采收，产量低：过迟采收，质量差，因此要掌握适时采收。一般要求菌盖边缘刚离开菌帆开伞度3分左右，菌盖直径1―3厘米，菌柄长度13―15厘米时即可进行采收。
采收时，一手抓住菌袋，一手伸入袋内，轻轻地抓住菇丛拔下，菇脚带木屑处要用小刀整齐地切去，残留在培养基上的菇脚要清除干净，表面再轻轻地扒一层，促使下一批现蕾。
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