1、螨类俗称菌虱，分粉螨和蒲螨两种。蒲螨体小，肉眼不易看到，它们多在培养料表面上集中成团；粉螨体较大，白色发亮，不成团，量多时呈粉状。发生螨类害虫的香菇菌块，菌丝被咬食，严重时可将菌丝吃光。
菌种中发生螨虫，可用棉塞蘸50%的敌敌畏塞上熏杀。发菌期间出现螨虫，可用0.5%的敌敌畏喷杀，也可喷洒25%的菊乐合酯2000倍液。出菇期间有螨虫发生，可用菊乐合酯喷杀，但要在喷洒药3天以后才能采菇。
2、眼菌蚊其小龄幼虫在培养料内取食，大龄幼虫则蛀食香菇等菌类的子实体。
防治方法：菇房、菇场及周围环境要保持清洁卫生。栽培前，菇房、菇场要喷药杀虫，可用40%的敌敌畏1000―1500倍液喷洒。出菇期间发生眼菌蚊，可用40%的敌敌畏1000―1500倍液喷杀，也可用25%的菊乐合酯2000倍液喷料面防治。
3、瘿蚊其幼虫主要危害菌丝体和子实体，防治方法与防治眼菌蚊相同。
4、跳虫又称弹尾虫、烟灰虫等。防治方法：培养室内外和菇场要用40%的敌敌畏500倍液喷洒。发菌期间发生跳虫危害，可用敌敌畏加蜜糖诱杀，即用40%的敌敌畏500倍液喷于纸上，再滴数滴蜜糖，将药纸分散铺于培养料面上诱杀。出菇期间发生跳虫危害，可用0.1%的鱼藤精或除虫菊杀灭。
5、线虫受线虫危害的培养料表层或全部会变湿、变黑、发粘、菌丝萎缩或消失，幼菇死亡。死亡的幼菇表面发粘，有腥臭味。在潮湿、闷热、不通风的条件下，易发生线虫危害。防治方法：可用2%的甲醛溶液喷雾杀灭。局部培养料上发生线虫危害时，可将受害的部分营养料挖掉，并用甲醛喷杀。
6、蛞蝓又称鼻涕虫，它是一种软体动物，白天潜伏在阴暗潮湿处，夜间出来活动，它咬食香菇等食用菌的子实体，在夜间9―10时，可在蛞蝓出来活动时进行人工捕捉，或在其游动的场所和路线上喷洒1%的高锰酸钾溶液或5%的食盐溶液防治。
7、白蚁主要危害菇木。防治方法：用80%的亚砷酸、15%的水杨酸、5%的氯化铁，配成毒剂，喷洒蚁路、蚁巢，每巢喷洒6―16毫升；或用50%的升汞、35%的亚砷酸、10%的水杨酸、5%的氯化铁，配制成白蚁粉，喷洒蚁巢，只要部分白蚁蘸药便可全巢覆灭。
