在香菇生产的过程中，容易受到各种霉菌的危害，如果防治不利，会使香菇栽培陷入恶性循环的境地，所以，必须引起高度重视。
一、木霉
危害香菇生长的所有杂菌中，木霉威胁最大。木霉又称为绿霉菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中。木霉靠孢子传播，常借助气流、水滴、昆虫、原料、工具及操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基内，一旦条件适宜就萌发繁殖为害。木霉适应性强，繁殖速度快，它本身能分泌毒素，抑制香菇菌丝生长；木霉还能生长在生长势减弱的香菇菌丝体上，使香菇组织细胞溶解死亡。当生产环境不清洁、培养料灭菌不彻底、接种操作不严格，且处于高温高湿条件时，就给木霉侵染造成良机，尤其是多年的菇场和老菇棚，常是木霉猖獗为害的场所。
木霉至今没有理想的根治性药物。因此，创造适合香菇菌丝生长而不利于木霉繁殖的生态环境，是控制危害的根本措施。一旦发生木霉为害，要立即通风降湿，以抑制木霉菌的扩展，处于发菌阶段的培养料感病以后，可采用注射药液的方法抑制木霉扩张，常用的药液有5％的石碳酸、2％的甲醛、1：200倍的50％多菌灵、75％甲基托布津、pH值为10的石灰水，此外，往污染处撒白灰面，防治效果也很好。
二、链孢霉
链孢霉生长初期呈绒毛状，白色或灰色，生长后期呈粉红色、黄色。大量分生孢子堆集成团时，外观与猴头菌子实体相似，链孢霉主要以分生孢子传播为害，是高温季节发生的最重要杂菌。
链孢霉菌丝顽强有力，有快速繁殖的特性，一旦大发生，便是灭顶之灾，其后果是菌种、培养袋或培养块成批报废。
防治链孢霉，首先应尽量避免在高温季节生产。在香菇发菌阶段温度最好控制在20℃以下，这样链孢霉生长缓慢，可减少污染。香菇发菌场所潮湿有助于链孢霉的发生，所以控制发菌场所的湿度就可以有效地防止链孢霉发生。链孢霉的药物防治可参照木霉的防治。菌袋生产时，如果发现链孢霉，要在分生孢子团上滴上柴油，可防止链孢霉的扩散。菌袋发菌后期受害，一般不要轻意报废，可将受害菌袋埋入深30厘米～40厘米透气差的土壤中，经10天～20天缺氧处理后，可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。
三、毛霉
毛霉，又叫长毛霉，菌丝初期白色，后灰白色至黑色，说明孢子囊大量成熟。该菌在土壤、粪便、禾草及空气中到处存在。在温度较高、湿度大、通风不良的条件下发生率高。毛霉菌丝体每日可延伸3厘米左右，生长速度明显高于香菇菌丝。
毛霉发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境含毛霉孢子多，在闷湿环境中进行菌丝培养等等。毛霉在香菇菌丝体培养期间浸染时，蔓延速度快，数日内便能布满基质，而受害的香菇菌丝则生长缓慢，步履艰难，尽管最终仍能伸达基质各处，但香菇菌丝已无正常浓白色，而是呈灰黄色。
防治毛霉为害的根本措施是不使用霉变的原料，尽量消除接种环境中的毛霉孢子和做好通风降湿。处于发菌阶段的培养料感病以后，防治方法同木霉。
