黑木耳在养菌期内，有时会出现退菌现象。即当菌丝长至培养基的中部或中底部时，从料面开始菌丝逐渐变弱，甚至消失。是什么原因导致退菌呢？
一、原料配比不当
栽培黑木耳的原料很广，但不同的营养搭配导致栽培效果不同。例如杨、柳、桐、椿等软条木屑及软质秸秆如谷草、稻草（壳）、高粱壳等占培养基成分比例过大，培养料营养不良或抑菌气味导致勉强长下去的菌丝随后死亡，即退菌。所以我们在栽培时尽量选择柞、桦、榛、楠等低矮灌木及棉籽壳为主料，加软杂本属或较质秸秆时不要超过配方中的比例。
二、装料过松
装料过松不仅易造成袋料分离，还会导致退菌。原因是由于料间空隙大，气生菌丝多，而气生菌丝抗老化能力差，极易老化死亡，从而使培养基收缩、变软，出现退菌现象。
三、培养料过干
培养料的含水量应在60％－65％，菌丝长势良好，如果低于53％，菌丝抗老化能力明显下降。菌丝纤弱，生长速度慢，且随长随枯缩老化，从而出现不同程度的退菌。栽培时要注意含水量不宜过小，要在闷堆后测含水量，大颗粒的原料要提前预混，避免因“假水”现象影响含水量的测定。
四、养菌超温
秋茬耳的退菌多因养菌期内温度过高造成。同为温度过高，使菌丝细胞失水，菌体蛋白变性而老化死亡。我们会发现菌丝自料面向下逐渐变黄，并伴有黄水吐出，培养基变软，此部位即使划口也难出耳。所以养菌期内一定要注意不要超温。随时注意培养环境及袋内外存在的温差，准确掌握菌丝体温度。
五、通风供氧不足
黑木耳属好气性真菌，各个生长阶段都需要氧气，特别是在养菌的中期以后。需氧时变大。此时应加强通风供氧，否则菌丝长势弱、分解能力差，内部积聚的能量少而易老化，进而退菌。春茬耳往往注重保温、提温，忽视通风供氧而造成退菌。
六、菌种老化
实践证明，菌种在长好后的一个月内扩接为宜，如果苗龄超过四个月（非低温保藏的环境下），接种后，虽然能萌发，但吃料缓慢，且往往伴有退菌。所以菌种长好后不能立即扩接时，要置于低温、蔽光、干燥处进行保藏，保存菌丝活力，以免菌种老化造成扩接后退菌。
