去年秋冬季节平菇生产中退菌现象发生较多，今年春夏也有个别发生。退菌的症状表现为：菌种块萌发正常，吃料较正常偏慢，种块处呈放射线状生长，当菌丝长度在4～5厘米时，从种块开始菌丝逐渐稀疏，尖端菌丝较为浓密、浓白并继续发展，后边的随之淡化、稀疏，最后整个菌袋表面呈略灰白甚至无菌丝状。播种后40天，菌袋呈灰白色，没有正常的洁白，看不到浓密的菌丝，50多天后多不出菇，勉强现蕾，很是稀少。 问题的背景：棉籽壳原料，除常规的石灰粉等辅料外，添加常规用量的克霉灵，不再使用其他任何药物；播种率10%～15%，微孔或中孔发菌，种块萌发正常；尖端菌丝基本正常，浓密度、洁白度稍差。
实际检验：基料含水率基本合适，表面菌丝稀少，凭经验可见平菇菌丝，但很是细弱、量少；打开菌袋，有明显的不良气体，较刺鼻的辛、辣、腐混合味；袋内菌丝稀少，但明显有菌丝相连，使基料结块，但较松散；并排除药物反应等因素。
众多的电话咨询中，菇农朋友多怀疑是线虫危害。实际检验：镜检未见线虫，亦未见菇蚊幼虫或螨类等害虫，并根据菌丝情况分析，排除虫类危害；观察几个典型菌袋，除少许木霉、曲霉斑点外，生产中亦未发现大面积污染；但当“退菌”一段时间之后，木霉等杂菌则将很快占领料面。
诊断：主要原因是发菌棚通气不良，因保温导致菇棚内二氧化碳浓度偏高；次要原因是基料营养不足、菌种老化。
处理办法：打开发菌棚通风孔，令棚内通风；使用直径12毫米的钢棍，给菌袋纵向打孔2～4个，钢棍旋转抽出，保持孔径；菌袋周身打微孔，每袋30个左右，牙签直接扎破塑膜即可；设法提高发菌棚温度至20℃左右；出菇后喷施三维精素。
结果：发病菌袋如上处理后，一周时间恢复发菌，菌丝洁白，态势良好，退菌处已布满浓密的新菌丝，半月后全部正常出菇。
针对以上退菌问题，给菇农朋友特别提出的建议：生产前，对菌种、原料做有效检验，尤其菌种的脱毒是重点之一；基料需科学的设计配方，加入食用菌三维营养精素，使其营养丰富而且均衡，为平菇菌丝的健壮和提高抗性奠定合适的物质基础。强化对菇棚和污染菌袋的消杀处理，将已发生退菌的菌袋进行纵向打孔并增加微孔，适当提高棚内温度，降低湿度，使菌丝尽快恢复生长，根据当地的环境状况，发菌期间每隔3～7天喷洒一遍百病去无踪或赛百09溶液，以确保发菌的顺利进行。