（1）茎腐病，主要为害茎和根部。发病初期，根茎部出现淡褐色的病斑，严重时植株枯死。防治方法为轮作、土壤消毒及药剂防治。发病初期向发病部位喷施40％乙膦铝可湿性粉剂200～400倍液，或用50％敌菌丹可湿性粉剂1000倍液浇灌植株根茎部。
（2）苗腐病，主要为害幼苗。发病初期幼苗近土表的基部或根部呈水渍状，最后腐烂，以致全株倒伏或调萎枯死。发病初期可喷洒50％多菌灵可湿性粉剂800倍液或75％百菌清可湿性粉剂800倍液。
（3）草锈病，主要为害叶片、嫩茎和花萼。发病初期，可喷洒15％粉锈宁可湿性粉剂2000倍液或65％代森锌可湿性粉剂500倍液。
（4）叶枯病，主要发生于叶部和茎部。发病初期，可喷洒等量式波尔多液，或65％代森锌可湿性粉剂600倍液，或50％莱本特可湿性粉剂2000～2500倍液。
（5）灰霉病，是温室内栽培金鱼草的重要病害。植株的茎、叶和花皆可受害，以花为主。发病初期，选用70％甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，或50％多菌灵可湿性粉剂800倍液喷雾防治。每隔10～15天喷1次，连喷2～3次。
