鳗鱼烂鳃病分为细菌性烂鳃、寄生虫烂鳃和霉菌性烂鳃，但为害最为严重的主要是细菌性烂鳃和细菌、寄生虫混合感染的烂鳃，为害的规格大多数是中成鳗。土池使用药物往往容易破坏水质，导致病程长，损失大。
近年来，为避免使用化学药物，在防治鳗鱼烂鳃病中，采用了以控制水质为主的生态防治方法，同时使用一些中草药取得了良好的效果，其主要做法：1配足增氧机，根据池塘的载鱼量，按一吨鱼配足0.5KW~0.75KW的增氧机，在晴天中午前后可以减少增氧机使用台数，但是在阴天、天气闷和食后3小时内应开足增氧机增氧；2适当排换水，根据天气、食量及水质变化情况而定。水泥池每天换水量控制在30%以内，切忌大排大换，土池每天应有一定的新水进池；3合理混养鳙鱼、鲢鱼、青鱼及鲫鱼，以控制水质，每亩混养鳙鱼20尾，鲢鱼30尾，青鱼3尾~5尾，鲫鱼100尾~200尾；4适当使用生石灰、低毒杀虫剂，控制一定的水蚤，保持水质偏碱性，以利于藻类的生长；5在温度适宜，食量大的季节，定期使用三黄粉，每20kg饲料拌100g内服。在发病初期或定期使用中药五倍子按1.5ppm煮水后全池泼洒。
