金鱼有着多种体色，它们是由黑色色素细胞、橙黄色色素细胞和淡蓝色的反光组织组成的。由于这3种成分的重新组合，各种色素细胞的数目及其分布以及色素的数量与色素的聚集或分散等均能变更它们的外观，于是鱼体的颜色就发生了变化。这些性状是遗传的。
金鱼中有一种全身都是深蓝色的，称为蓝鱼。蓝鱼有蓝龙睛、蓝高头、蓝水泡、蓝丹风等不同品种。另一种身体的颜色介于深棕色和棕色之间，这种鱼俗称为紫色。紫鱼也有紫龙睛、紫高头、紫珍珠等不同品种。
蓝色鱼在自交繁殖中所得到的后代全部为蓝色，这证明蓝色鱼是不分离的，是属纯种，蓝鱼与灰色鱼(野生鲫鱼)作正、反交时，所得后代都具有与鲫鱼完全相同的灰色。这表明灰色是显性(在杂交子1代中表现出某一亲代的性状称为显性)，蓝色是隐性(在杂交子1代中不表现出某一亲代的性状称为隐性)。紫色鱼在自交繁殖中所得的后代均为紫色，说明紫色鱼也是不分离的，也是纯种。蓝鱼和紫鱼杂交所得的后代并不产生蓝色和紫色，而是产生深灰色和黑色。而杂交子1代兄妹交配所得的杂交子2代中非蓝色的鱼有4325尾，蓝色鱼有1383尾，它们之间的比例是3：1。这些结果说明：金鱼的蓝色为l对隐性基因所控制。野生型的等位基因是显性，当它存在时，就会产生灰色、黑色或其他非蓝色。当紫鱼与鲫鱼杂交时，所得的子1代全部为灰色，和鲫鱼的颜色一样，可见紫色也是隐性。杂交子1代与紫鱼回交时，所产生的下一代绝大部分是灰色(2867尾)的，而紫色鱼的数量仅占极少数(189尾)，跟15：1的比例相吻合。
因此，可认为紫色是受4对基因支配，只有4对基因隐性纯合子时，才可以发育成紫色(aabbccdd)。如4种显性等位基因有任何一种参加，鱼的颜色就要发育成灰色、黑色或非紫色。紫鱼与非紫色的正反交实验产生了相同的结果，证明这4对基因并不是伴性遗传的。
由蓝鱼和紫鱼杂交而产生的一种纯合体不分离的紫蓝色金鱼品种，这种鱼是受5对隐性基因控制的。其他体色的遗传，在遗传实验研究中也是很有兴趣的问题，而且也是很复杂的。因为在金鱼的个体发育过程中，常有褪色的现象。各品种金鱼的幼鱼阶段几乎是差不多的，都具有灰褐色，由于色素细胞的部分消失而转变成成鱼的体色。墨色金鱼则因黑色色素细胞增加而形成黑色，在2―3年内常褪成橙红色。这种褪色性对墨龙睛的非褪色性来说是显性。橙红色金鱼则常褪成白色。这些褪色过程的中间状态就形成了杂斑金鱼。
