有些鱼病，可针对三体（即水体、鱼体、病原体），采用生物疗法进行防治。用生物疗法防治鱼病，可优化养殖环境，同时防治多种鱼病，减少渔药用量，降低损失，提高产量，增加收益。生物防治的方法很多，现介绍以下几种：
一、休养和改养
如果池塘养殖某种鱼类时间较长，上年发生某种鱼病，且发病率较高，则当年可不再放养该种鱼类，应对池塘采取药物消毒处理后，休养半年或更长时间，或投放其它水产动物，这样可使病原体找不到适宜的宿主而自灭。如上年发生微粒子虫病的蟹池，即可采用这种方法。如果鱼类患有小瓜虫病，可种植作物，改变池塘环境，消灭病原体。对狭腹鳋等寄生虫病，主要寄生在乌鳢、鲫鱼鳃上，对寄主有严格选择的特点，可采用轮养其他鱼种的方法进行防治。而新开挖的鱼池，可先养1年～2年的成鱼，以后再养鱼苗鱼种，以预防弯体病。
二、与其它水生动物混养
1.混养某些水生动物，可杀灭病原体或吃掉某些寄生虫或敌害生物，以减少鱼病。如在黄鳝养殖池中放入少量蟾蜍，可防治黄鳝的梅花斑病；每亩鱼池放养100g～150g的黄颡鱼20尾～30尾，能吃掉病鱼体表的部分锚头鳋；在鱼池中混养较大规格的鲫鱼，可吃掉池水中水蛭的卵和幼体；池水过肥时可放养罗非鱼，以清除蓝藻等藻类；混养少量鳜鱼等凶猛鱼类，可吃掉野杂鱼、蝌蚪等；如果在养蟹池中放养少量的鲤、鲫等杂食性鱼类，可以吃掉水中的有机碎屑、及残饵，鲤鱼还可吃掉蟹奴虫的幼体，从而大大降低蟹奴虫的感染率；适量搭配性情温和的团头鲂，可减少青泥苔、水网藻的发生；罗非鱼喜食水中的鱼虱、锚头鳋，能减少鱼病危害。
2.混养肥水性鱼类，如鲢、鳙等，可调节水质。混养鲤鱼、鲫鱼、泥鳅等杂食性鱼类，可吃掉水中的有机碎屑、残饵、小型动物，改善鱼类生活环境，有利于其他鱼类生长。
3.混养少量规格适当的凶猛鱼类，可刺激鱼类活动，提高鱼类摄食和活动能力，增强体质。
4.混养对某种鱼病有抵抗力的鱼类，减少同种鱼之间的接触机会，从而减少鱼病传播。在黄鳝池中放养少量泥鳅，能防治黄鳝之间的缠绕，预防发烧病的发生。
三、改善池塘的生态环境
用生物方法改善池塘的生态环境，保持池塘良好的水质，提供充分的天然饵料，既有利于鱼的生长繁殖，又减少鱼的发病几率。
1.培育水生浮游植物。浮游植物产生氧气，吸收水中有害成分，改善水质，为鱼类提供丰富的天然饵料。
2.栽植水草等水生植物。在水面放养浮萍、空心莲子草，水中栽植大型水生植物，夏季可遮挡阳光，防止水温过高，调节水质。如在河蟹养殖中，许多水草都是河蟹的好饵料，还可以净化改善水质，供河蟹蜕壳时攀援附着，固定身体，对河蟹的生长、栖息、蜕壳、隐避及减少敌害侵袭、防逃都有非常重要的作用，是人工养殖的重要一环。
3.池边搭棚遮荫。在池塘的东、南、西三面种植陆生作物，如南瓜、冬瓜、葡萄等，在夏季可遮挡阳光，防止水温过高，有利于鱼的生长。
4.用生物制剂改良水质，防治鱼病。微生物制剂的使用是生态养殖中重要的一环，是一种活菌制剂，主要有枯草杆菌、EM菌、光合细菌、酵母菌、乳酸菌等，能杀死或吞噬水体中的致病菌，净化水质，保持良好的水质和适宜的透明度；鱼虾摄食微生物制剂后，有益微生物成为鱼虾体内的优势种群，一些有害菌被排出体外，减少对鱼虾的侵袭机会，达到防病的目的。早期使用光合细菌，能从根本上防止鱼虾病害发生，光合细菌中还含有抗病毒因子及多种免疫促进因子，可活化机体免疫系统，强化机体免疫反应，提高机体抗病力，并能分泌大量叶酸，防止鱼类贫血病的发生。
四、加强日常管理，切断病原体传播途径
可采用切断寄生虫生活史中的某个环节的方法来防治鱼病。平时加强饲养管理，合理投喂适口饲料，让鱼吃饱吃好，增强鱼体抗病力，避免鱼体受伤，注意鱼池环境卫生，勤清除池边杂草、敌害和中间寄主，及时捞出残饵、死鱼尸体及排泄物，定期清理和消毒食物。许多水生动物和食鱼动物等敌害在水体中活动，不仅伤害鱼类，而且传播病原体，应认真清除。许多种吸虫的中间宿主是各种螺类，如人畜共患的肺吸虫病，其病原体有三个宿主，河蟹是第二中间宿主，而第一中间宿主是椎实螺或扁蜷螺。从螺类出来的尾蚴再钻进河蟹的肌肉里，形成囊蚴。因此，将池边和水中的螺类清除掉，便可切断其中间宿主。
五、选择抗病力强的鱼种
采用鱼类种间杂交，培育抗病力强的新品种。在一些发病严重的鱼池，少数无恙存活下来的鱼，一般对病原体有免疫作用，可将这些鱼专塘饲养，培育具有免疫力的鱼种。
六、利用中草药等植物体，直接防治鱼病
用中草药防治鱼病，不仅取材方便，价格低廉，而且无副作用，不污染环境，既防又治，效果明显，是一种较好的防治方法。常用的中草药有水菖蒲、水辣蓼、地锦草、大蒜、桑叶、苦楝树枝叶、辣椒、姜、五倍子、三黄、马齿苋（马凤菜）、铁苋菜（车前草）、鳢肠（旱莲草）等。施药方法有拌饵投喂法、浸汁泼洒法、醣化法、浸泡法等。如每100kg鱼每天用新鲜马齿苋1.5kg～3kg，切碎后投喂，连续6天，或每天用鲜辣蓼5kg、地锦草2kg（或干粉300g～400g）切碎加水煮沸半小时，然后拌成药饵投喂，每天1次，连用4天，可防治肠炎病。每亩用40kg喜旱莲子草，粉碎后挤汁拌入豆饼制成药饵，每天2次，连用10天，防治草鱼出血病。每100kg鱼用地锦草干草500g或鲜草 2.5kg，煮汁后拌入饵料投喂，连续3天，可治疗烂鳃病。每亩水深1m用菖蒲1.3kg～2.5kg，力口食盐0.5kg～1kg，全池遍洒，防治水霉病。每亩水深1m用鲜辣椒粉250g、干姜片100g，混合加水煮沸，全池泼洒，防治小瓜虫病。浸泡法是将草药扎成把，放入池塘浸泡，利用浸泡的药汁扩散到全池，达到预防和治疗鱼病的目的。如在鱼池进水口处，每亩浸泡苦楝树枝叶30kg～40kg，每隔7天～10天更换一次，浸出的药汁随水流遍全池，可防治车轮虫病。
