秋季养殖甲鱼应以水质调节为主：先用水质净化剂以较快的速度降低水体的氨氮与亚硝酸氮含量，2天后补充调水生物制剂（如光合菌、硝化细菌等），优化养殖水体并保持较长时间的稳定。
饲料质量是确保甲鱼快速生长的关键，特别是要保证甲鱼对蛋白与脂肪的需求量。养殖户如果有条件，可在饲料中加入20%左右的的鲜鱼或优质冰鲜鱼鱼浆，可大大提高甲鱼的生长速度与肥满度。另外，由于甲鱼在秋季食量增加，在投喂饲料时，可适当添加预防肠炎的药物，如穿心莲、大蒜等，每次连续用药 2～3天。
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