随着温度的降低，微生物的繁殖速度减缓，越冬前后的鱼病也明显减少，但适应低温环境的部分细菌和真菌还潜伏在水体之中，如细菌类的水型点状假单胞菌、真菌类的水霉菌在随时寻找寄主，一旦侵入鱼体会导致鱼类竖鳞病和水霉病的发生，尤其是拉网过后此病就更加多发。其次，寄生虫类型的某些原生动物的耐寒力是相当惊人的，如车轮虫在低于2℃~3℃时，仍可大量发生，甚至还可在冰上生存；虽然小瓜虫的最适生存温度为12℃~24℃，但在严寒的冬季也可发生，一样会对鱼的生长构成威胁。再其次，个别渔塘还会因饲料质量问题造成鱼类的脂肪肝病。因此，在鱼类停食前要严格检查鱼儿的健康状况，对发生的各种病症或不明显的轻微病害，都要对症用药彻底治愈，以免鱼儿在越冬期间因病害而死亡。
