养殖甲鱼虽然效益较好，但难度也比较大，稍有不慎，甲龟就会大批死亡：造成甲龟病害的主要原因有以下几方面：
一是水质污染。甲鱼池水要新鲜，如长期不换新水（特别是稚、幼甲鱼），由于残饵和排泄物的大量存积，会使有害菌、藻类及病原体大量繁殖，导致传染性疾病发生：
二是放养密度过高或大小规格不齐。一般放养密度667平方米（1亩）500～800只，密度过大会使甲鱼互相争斗;如放养规格大小不一，则会造成弱肉强食。
三是投饵无计划。如喂食不能做到定时、定质、定量、定点，使甲鱼经常处于饥饱无常状态，会降低甲鱼对病害的抵抗能力。
四是发生冻害和暑害。冬季池内结冰，会使稚、幼甲鱼发生冻害;高温季节池内水温过高，甲鱼食欲减退，体质衰弱，也易感染疾病。
五是将伤残甲鱼放入池内饲养。对因捕捉和运输方法不当而致残的甲鱼，入池前如不加挑选，易感染疾病死亡
预防措施如下：
一、在放养前，每667平方米水面用75千克生石灰清池消毒。
二、池水常用浓度为1毫克/千克的漂白粉溶液或0.5毫克/千克的呋喃唑酮溶液消毒，也可用浓度为100毫克/千克的福尔马林溶液消毒。
三、放养前必须对甲鱼进行药浴处理。药浴可用维生素B12或Vc100毫克/千克、200毫克/千克浓度的溶液洗浴30分钟，然后再放人每千克水含10万～15万国际单位青霉素的药液中浸洗2～7小时。对在捕捞或运输时被擦伤的甲鱼，放养前可用浓度为3毫克/千克的亚甲基蓝溶液或15毫克/千克的孔雀石绿溶液浸洗20～30分钟。
四、饲料要新鲜。夏季要喂高蛋白低脂肪的饲料。甲鱼冬眠前饲料中应添加3%～5%的脂肪，以提高冬眠成活率。
五、水质变化时需及时换冰。
