患病后的水产动物的摄食量一般都会减少，常出现离群独游或爬上岸边和水草丛中的现象。对于食欲严重衰退的水产动物群体，即使将药物拌在饲料中投喂，也只能是尚未丧失摄食能力的部分水产动物能吃进药饵，难以达到全面药物治疗的目的。采用拌药饵投喂的治疗方式时，一定要充分考虑生病的水产动物摄食量，笔者主张根据发病期间水产动物的实际摄食量配制药饵。
细菌、病菌、真菌和各种寄生虫都可能成为水产动物的病原体，而能治疗百病的药物是没有的。因此，在采用某种药物治疗疾病之前，必须要首先确认病原，对疾病做出正确的诊断。
对于病毒性疾病，目前尚没有药物进行有效的治疗。水产动物一旦感染病毒，体质下降，免疫能力低下，极易被病原性细菌二次感染，因此对于由病原菌引起的水产动物疾病，一般应采用抗菌药物进行治疗。还需注意水产动物是全身性感染还是局部感染，要选择不同的给药方式。
由寄生虫引起的各种疾病，如在体表寄生的原生动物、大型吸虫和甲壳动物等，采用全池泼洒法能获得良好的效果，苗种放养时可用药浴法，以消灭原生动物，而对于寄生在水产动物消化道内的棘头虫、线虫、吸虫等体内寄生虫，必须采用拌药饵投喂的给药方式，才有可能获得比较理想的治疗效果。
能溶于水或者经过少量溶媒处理后，能溶于水的药物，可以作为拌药饵投喂和药浴、全池泼洒方法使用。目前常用的剂型有粉型、水剂、颗粒剂，此外还有片剂、微囊剂、注射剂：在水产药物类型上，粉型占主要地位，其制剂品种也丰富。水剂在水产给药上也比较方便，如常见的一些杀虫剂（菊酯类）、消毒药（次氯酸钠、一元二氧化氯、福尔马林、过氧乙酸）等液体制剂。片剂由于起效慢、作用时间长，并对水产动物的刺激性较小，因此，在对池底消毒和如使用粉剂会对水产动物有较大刺激时，可选择使用片剂。
提倡使用微生态制剂，对于水产动物疾病的防治，笔者认为不一定要将病原体赶尽杀绝，但要求其在数量上处于劣势，要大力培殖有益菌，用有益菌或中性菌甚至是一些处于不活跃状态下的致病菌去与有害病原体竞争，从而抑制它们的生长与繁殖。选择微生态制剂时，要注意以下条件：（1）能与宿主共生，且对宿主应是非病原性和无毒性。 （2）能迅速繁殖，形成优势种群。（3）菌株的产酸力较强。（4）能产生抗生素类的物质，使之易在种间竞争取胜，进而阻止致病菌的定植与繁殖：（5）在制备过程中易于保持足够的菌数与活力。（6）易于与其他菌联合使用。
