南方部分灾区养殖鱼类大规模死亡，目前许多地方进行了无害化处理，但也有部分养殖区的死鱼未能及时清捞处理，就近堆积在鱼塘四周，随着天气回暖，死鱼开始腐烂发臭，产生的多种病原菌可能对水体造成污染，引发灾后流行性鱼类疫病，也可能通过空气或食腐动物等媒介物传播给其他动物，比如鼠类、蚊蝇等动物食用腐烂鱼体，可能成为病原携带者。这对灾区公共环境和公共卫生安全构成了严重潜在威胁。
因此，尽快进行死鱼的无公害化处理，防止其发展成为社会公害，对水产健康养殖特别是公共环境和公共卫生安全至关重要，这是当前救灾和恢复灾后生产工作中急需妥善解决的突出问题。保持良好的公共环境卫生安全是各级政府的重要职责，目前，政府有关部门应紧急安排资金，尽快组织广大水产养殖企业和养殖户，清捞死鱼并进行无害化处理。
处理方法包括：
一是深埋。选择远离水源、河流、养殖区和居住区的地点，集中进行深埋，掩埋时先在坑底铺垫2厘米厚生石灰，放入死鱼后再撒一层生石灰，最后用土覆盖填平，覆盖土层厚度应不少于0.5米；如已出现疑似疫病等异常情况，要先将死鱼浇油焚烧，再覆盖厚度大于1.5米的土层；填土不要太实，以免鱼体腐烂产气造成气泡冒出和液体渗漏，掩埋后应设立标识。
二是发酵。选择远离水源地、河流、养殖区域等地点挖发酵坑，坑底衬塑料薄膜，放入死鱼后用塑料薄膜密封，然后用土覆盖，发酵后可作农业用肥。
另外，发生大量鱼类死亡的鱼塘排水时必须进行水体消毒，达到国家废水排放标准后方可排放。水体消毒可用每立方米水体20克漂白粉全池泼洒。
