网箱除了露出水面、浮在水面、悬在水中间的种种方式外，还可将网箱沉于水底，即沉于水下层。沉于水底的网箱其优点是：
1）这种网箱很灵活，可以起控制网箱在水体中的温度的作用，稳定鱼在水中体温。即水体表面水温适合时，网箱上升到水面；天气恶劣，将网箱下沉到适宜深度；当天气变得很冷时，可将网箱下沉到最恰当的深度，越冬保种；当天气十分炎热水面水温超高，不适合养鱼时，网箱下降，沉到最佳水温区养殖。这样，十分有利于鱼生长。
2）如果网上藻类很多，加上悬浮物的堵塞，影响网箱内的水体交换，这时可适当将网箱下沉。因为水面1米处阳光照射充足，浮游生物生长旺盛，容易堵塞网具。浮游生物随着网箱下沉的深度愈深，阳光照射愈来愈少，浮游生物得到阳光少，生长不利。当网箱下到3米时，阳光很难射进，浮游生物几乎没有了，这也是给箱体清淤的一种好方法。
3）有的地方容易受到洪水的冲击，破坏网箱，这时使用下沉式网箱也是保护网箱、保护养殖的一种好方法。在日本的养殖业中也常见这样的网箱。 下沉网箱，灵活多样。 温度适宜好生长，水温调节靠升降。
