危害辣椒的病害主要有病毒病、疫病、细菌性斑点病、炭疽病等。以往辣椒病害的防治多是见病治病、药剂单一．加之用药混乱，不但增加防治成本，而且错过了防治的关键时期，防治效果较差。在对病害施之正确诊断的前提下，根据发病情况，配合药剂进行防治，效果较好。
1)辣椒病毒病：是由黄瓜花叶病毒 (C MV)和烟草花叶病毒(T MV)感染致病的。C MV主要由蚜虫等传播， T MV主要是由汁液接触传染造成花叶、坏死、落叶、落花、落果，最终出现畸形。一旦被感染，发病率极高，传播迅速，一般会造成3―6成的减产。甜椒品种极易感病，苗期感病造成的损失最重。黄瓜花叶病毒病 (C MV)由蚜虫传播，苗期施抗病毒病药和苗期防治蚜虫是防治的关键。
2)辣椒疫病：辣椒疫病是由疫霉感染引起的真菌性病害。苗期、成株期均可受害，根、茎、叶、果实都可发病，前期根、茎染病造成死苗，中后期染病常造成整株死亡。移栽期该病传播快、易感染，会造成大片死苗，连作田较重，病菌孢子借风雨传播，迅速蔓延成灾，损失较重。在移栽前2―5天喷淋1次甲霜灵锰锌300-500倍液，然后带药移栽，能很好的预防疫病、
3）细菌性斑点病：是辣椒上普遍发生的一种细菌性病害，常引起早期大量落叶、落花、落果，影响产量。如果在长期的高温高湿条件下，叶片上的病斑不形成疮痂，而是迅速扩展为叶缘焦枯或在叶片上形成许多小斑点，之后引起叶片大量脱落。此外，重茬地、湿地、生长差的田块发病重。在 辣椒初果前开始施用菌克毒克喷雾，5天一次，连喷三次，预防效果非常好。
4）辣椒炭疽病：辣椒炭疽病是辣椒挂果期的重要病害之一。此病主要危害果实，特别是成熟果实。严重时，会造成果实大量腐烂，对产量影响极大。分生孢子主要通过风雨和昆虫传播。分生孢子发芽后，从伤口侵入，有多次再侵染。高温多雨，田间湿度大，氮肥过多，均会加重此病发生。 在辣椒采收中后期用多菌灵加炭疽福美喷施，每7-10天一次，一直用到采收期结束（每次采收应与施药时间隔开）。
