贮藏或远销的南瓜应取老熟果。采收标准为果皮坚硬，显现出固有的色泽，果面布有蜡粉。采收时要保留2―3厘米长果柄。由于南瓜比较耐贮藏，常采用下面几种方法贮藏。
1、堆藏
堆藏是把选好的南瓜直接堆放在室内。堆放前地面先铺一层干草或麦秸，上面堆放南瓜。摆放的方向和生长时的状态相同，可将瓜蒂朝里，瓜顶朝外，依次堆码成圆堆，每堆15―25个，高度5―6个瓜高为好。同时留出通道，以便检查。也可装筐堆藏，每筐不宜装得太满，离筐口应留有一个瓜的距离，以利通风和避免挤压。瓜筐堆放可采用骑马式，以3―4个筐高为宜。贮藏前期，外界气温较高，要在晚上打开窗口通风换气，白天关闭遮阳，避免日光直接照射，室内空气要新鲜干燥，并保持凉爽。外界气温较低时，特别是到了严寒冬季，注意防寒，温度应保持在0℃以上。
2、窖藏
窖藏的南瓜宜选用主蔓上第二个瓜，根瓜不宜作贮藏用。生育期间最好不使瓜直接着地，并要防止阳光暴晒。采收时谨防机械损伤，特别要禁止滚动、抛掷，否则内瓤震动受伤易导致腐烂。南瓜采收后宜在24℃―27℃下放置2周，使瓜皮硬化有利于贮藏，这对成熟度较差的瓜尤为重要。
3、架藏
架藏的仓位选择、质量挑选、降温、防寒和通风等要求与堆藏相同。所不同的是仓库内用木、竹或角铁搭成分层贮藏架，铺上草包，将瓜堆放在架上。或用板条箱垫一层麦秸作为容器。瓜放入后码成垛进行贮藏。这种方法透风散热效果比堆藏好，仓位容量也比堆藏大，观测、检查比较方便。目前多采用此法贮藏南瓜。
