南瓜可以嫩果供食，也可以老熟果供食。贮藏的南瓜应取老熟果，采收标准为果皮坚硬，显现固有色泽，果面布有蜡粉，采收时要保留一段果梗，有人指出根瓜不宜作贮藏用，可先摘除，留主蔓上第二个瓜，贮藏的瓜不能遭霜打，要早播保证霜前有适当成熟的瓜果，生长期间最好不使瓜直接着地，可以在瓜下垫砖或吊空，并要防止阳光曝晒，收时谨防机械损伤。特别禁止活动、抛掷，否则内瓤震动易引起腐烂，南瓜采后宜在24～27℃放置2周。使果皮硬化有利贮藏，这时对成熟度较低的瓜尤为必要。
南瓜可贮放在空屋内或湿度较低的窖内，保持温暖干燥的条件，适温在10℃左右，相对湿度70％～75％，贮藏时地面铺细沙、麦秸或稻草，其上堆放2～3层瓜，也可将瓜摆在菜架上。
