番茄脐腐病会导致果实脐部出现不同颜色的霉层，如白色、黑色、淡红色霉层，影响产量，应及早采取措施防治。
番茄脐腐病主要危害幼果，发病初期在果实脐部出现水渍状病斑，后逐渐扩大，果实顶部变褐色、凹陷，严重时扩展到半个果实，病果提前变红，失去商品价值。发病后期，在潮湿条件下，病斑上会着生腐生菌，形成黑色或红色霉状物。
番茄脐腐病是由缺钙引起的一种生理性病害。植株缺钙主要是由于根系吸收能力差或土壤溶液浓度过高，特别是钾、镁、铵离子浓度过高，对钙产生拮抗作用，影响根系对钙的吸收，导致番茄发生脐腐病。喷施防治细菌和真菌性病害的药，对该病没有效果。
防治番茄脐腐病，应及时摘除病果，同时喷施0.5-0.7%氯化钙溶液或其他钙肥，隔5-7天一次，连喷几次。如果根系吸收不良，应冲施生物菌肥及含腐殖酸、甲壳素的养根肥料，以增强根系吸收能力。