番茄筋腐病为生理病害，多在果实膨大至成熟期发生。果实外观前期表现为自果蒂向果脐的条状灰色污斑，严重时呈云雾形。后期病部颜色加深，病、健界限更加明显。大部分果实横剖面见到维管束变灰褐色，细胞坏死，果壁硬化。严重时果肉褐色木质化，品质变劣，淡而无味。从纵面看，自果柄向果脐有一道道黑筋，故叫筋腐病。
病害发生与品种、气候及栽培条件有关。一般情况下，中、晚熟品种如佳粉1号、2号、15号、强丰等，生长势强，叶量大，病轻或不发病。早熟品种发病重，偏施氮肥、光照差、夜温高、土壤板结，也会发病重。
在防治上，一是应选栽发病轻的中晚熟品种。二是多施有机肥、土杂肥，施用氮肥要适中，增施钾肥，果实进入膨大期后，进行叶面追肥。三是控制温度，早春气温回升快，注意通风，为增强光照度，冬春大棚栽培棚膜应勤擦拭，忌用旧的聚乙烯棚膜，防止棚膜吸附尘土影响棚内光照。四是合理施肥水，不宜温灌，穗果膨大期浇一次水即可。追氮肥时，每亩尿素不超过20公斤，氢铵不超过5公斤。在肥水充足的前提下，同时进行二氧化碳施肥，效果更佳。