保护地番茄的疫病有早疫病和晚疫病两种。
早疫病发病特征：病叶上产生不断扩展的轮纹斑，病斑上生毛刺状物。青果染病从花萼附近开始，生不规则形黑色斑，病部生黑色霉层。
晚疫病发病特征：植株下部叶片上从叶尖或叶缘向内形成水浸状不规则形病斑，病斑背面病健交界处生白色霉层。青果发病病斑呈油浸状暗绿色至褐色，边缘云纹状不规则形。果实不变软，迅速腐烂。
发生规律：番茄早疫病、晚疫病多发生在秋末及早春。通风不良，遇连阴雨天气，光照弱湿度大，保护地温度在22℃左右，相对湿度90％左右时容易流行危害。
传播途径：早疫病、晚疫病的最初来源主要是土壤中的病残体，再浸染靠气流传播。
防治措施：
1.加强管理，清理田园：整枝打杈留下的枝叶和摘除的病果、病叶等及时清理出保护地深埋销毁。对于连续使用多年的保护地，要及时用杀菌剂等处理土壤。
2.及时施药，注重预防：秋苗移植前要喷洒药剂，确保幼苗无虫无病进入保护地。当发现病害零星症状时，要及时摘除病叶病果，并全面施药保护。施药时尽可能使用速克灵烟雾剂或粉尘剂，不采取喷雾的措施，以降低相对湿度。