番茄生长过程中，营养元素供应不足或过多，不仅影响其正常生长发育，而且会发生各种生理性病害。常见的果实营养性生理病害主要有以下5种。
番茄脐腐病 主要表现为果实顶端下陷、变黑，病部逐渐扩大，后果实腐烂。产生这种现象的主要原因是土壤干旱，植株果实部位缺钙。预防：栽培上应注意土壤不宜干旱，氮肥不宜过多，应多施有机肥，同时注意补充土壤中钙的不足。
番茄畸形果 多见多心皮果实的畸形果。主要发生在第一果穗，也有少数发生在第二果穗个别果实的。产生这种现象的原因是育苗期温度低，氮肥用量过多，土壤湿度大，营养生长过旺，导致子房发育不正常。预防：育苗期白天温度应保持在20℃，夜间温度应控制在10℃以下，避免过量灌溉，少施氮肥。
番茄筋条果 常见有黑筋条果和白筋条果，即果肉组织维管束部位坏死变黑或变白。黑筋条果多在光照弱，营养生长过盛，栽植过密，氮肥施用过多的情况下产生。白筋条果则由于缺钾，吸收氨态氮过多所造成的。预防：栽培管理中应注意大棚和温室的土壤排水。光照不足时温度不宜太高，白天应保持良好的通风。要合理密植，不宜过多施氮肥，适量施用钾肥和硼肥，最好用硝态氮肥，用量不宜过多。
果实着色不良 番茄果实成熟时呈黄褐色，为果实着色不良。产生这种现象的主要原因是光照弱，温度低，氮肥施用过多，果实的叶绿素分解酶活性低。预防：栽培管理中不宜过度密植，应少施氮肥，以防营养生长过旺，同时棚室温度不宜太低。
网纹果 从番茄果实表面可以看到果肉呈现网纹状，称为网纹果。这种网纹果成熟迟缓，主要是由于土壤干旱，根系不能很好地吸收磷、钾或磷、钾在体内移动困难，造成代谢紊乱。预防：栽培中应注意适当灌水，防止土壤干旱。