大棚番茄的畸形果种类多，产生畸形果重的主要原因包括：
苗期氮肥施用过多、过量，地上部分营养过旺，冠根比例失调；番茄花粉分化前后，遇到连续的6～8℃低温，呼吸作用消耗的养分减少，花中积累养分增多，心皮数形成较多而形成多心室畸形果；番茄植株老化，温度低，光照差，花器与果实不能正常发育而形成尖顶果；高温低湿，光照不足、花粉败育、受精不良、果胶含量少而形成空洞果；主要由于钙量不足，容易形成纵向及横向而形成开裂与脐腐果；由于摘除老叶过多、过量而引起的果着色不全。此外,激素浓度不当或植株营养不良,也会产生空洞果或粒形或浆栗等。
预防番茄产生畸形果，应根据不同情况，分别采取如下措施：
合理施肥 番茄生育前期要控制氮肥施用量，坐果期必须平衡施足氮、磷、钾肥，坐果高峰期喷洒5％过磷酸钙浸出液2～3次，能有效地防治脐腐病和裂果。
科学控制番茄各生育期 幼苗旺长，可用多效唑控制旺长；及时整枝抹芽、疏花，摘除畸形幼果，打顶时保留2片幼叶，以免幼果灼伤，晴天上午10时左右对开放2～3天的雌花，用0.002％ 2，4-D混合液一次性地滴花保果。
保温防冻 当寒潮来临前，大棚内番茄每行加盖草帘或架小棚，用薄膜保温。
大棚温度不能过干或过湿。