品种是大棚番茄种植能否丰收的重要前提，农户应根据当地土壤和气候选择适宜塑料大棚栽培的番茄品种，如在川南地区，大多数土壤粘性重、高温高湿，因此必须选择耐湿、抗病（尤其要抗晚疫病）的品种。近几年比较好的品种有GBS106（大连产）、金鹏1号（西安产）、金牌国粹（西安产）、金光（安徽产）等。不管选择哪种品种，值得注意的是所选择的品种除应具成熟早、前期产量高、丰产性好、品质优良、商品性符合市场要求外，还应具有三个特性。
一、耐低温。在较低温度条件下，能正常生长开花结果，坐果率高，畸形果、裂果率低。
二、耐弱光。在光照较弱的条件下，能正常生长发育，植株具有叶片较小、叶片厚、光和能力强、株型较紧凑、生长势强但不旺长的特点。
三、抗病性强。对早、晚疫病、灰霉病、病毒病及叶霉病有较强的抵抗力。