1、番茄晚疫病（又称疫病）。选用抗病品种，合理轮作；控制温湿度，不可大水漫灌，及时通风排湿，降低空气湿度；及时整枝、打杈、摘除下部老叶，改善光照条件。若发现病株，立即拔除，并用药剂防治，每667平方米用45%百菌清烟剂熏蒸或5%百菌清粉尘剂1千克喷撒，或用75%百菌清可湿性粉剂500倍液，或72%杜邦克露500倍液，每7天喷一次，连喷3—4次。
2、番茄病毒病。用磷酸三钠纯化种子带的病毒；加强田间管理，避免田间干湿不均；均衡施肥，培育健壮植株；及时防治蚜虫等虫害，降低传染程度。幼苗定植时，喷弱病毒诱剂或接种弱毒疫苗，或1.5%植病灵乳剂1000倍液，或20%病毒A可湿性粉剂500倍液进行预防。发病初期，喷高猛酸钾1000倍液防治。
3、番茄灰霉病。选用无菌土配制营养土，床面用50%多菌灵500倍液消毒；加强通风管理，降低空气湿度，防止叶处结露；空气湿度应保持在80%以下，避免阴天浇水或浇水后遇连阴天；清洁田园，及时摘除病果、病叶。定植前，用50%速克灵1500倍液或50%多菌灵500倍喷淋幼苗，防患于未然。
4、番茄早疫病（又称轮纹病）。进行种子处理，轮作倒茬，合理密植，加强田间管理，适量浇水，及时通风排湿；增施磷钾肥，提高植株抗性，及时清除病果、病叶。每667平方米可用45%百菌清或10%速克灵烟剂200—250克熏蒸；或用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，甲基托布津800倍液，50%速克灵1000倍液喷雾防治，每7天喷1次，连喷3—4次。