番茄属喜温蔬菜，冬季保护地育苗因气温低、温度变化大、湿度大、通风不良等因素导致病害发生较多，应注意防治。
猝倒病 主要在子叶期出现，幼苗茎基部缢缩成细线状，突然倒伏，严重时成片死亡。湿度大时，病苗或病苗附近的地面长出白色絮状物。
立枯病 刚出土的幼苗和大苗均能受害，幼苗基部变褐色。发病初期病苗晴天萎蔫，夜晚恢复，病斑扩展后萎缩干枯，整株死亡，病部出现淡褐色蜘蛛网状霉层，无明显的白色絮状物，可与猝倒病区分开来。
沤根 幼苗根部褐色腐烂，不发生新根，地上部叶色较淡或萎蔫，生长缓慢，病苗易拔起。
防治番茄苗期病害，应加强苗床管理，减少有利于病害发生的环境条件出现，同时辅以药剂防治。播种前用种子重量0.3%~0.4%的50%多菌灵可湿性粉剂或35%甲霜灵拌种剂拌种。幼苗出土后发生猝倒病，应立即拔出病株，并用50%多菌灵可湿性粉剂800~1000倍液，或92%恶霉灵可湿性粉剂3000倍液，或25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液喷雾防治。在幼苗行间耙松土壤后撒施干草木灰，也有一定的控病效果。防治立枯病，可以用50%多菌灵可湿性粉剂800~1000倍液，或70%代森锌可湿性粉剂500~600倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600~800倍液喷雾。发现有沤根现象，应降低苗床湿度，提高地温，育苗后期加强放风炼苗。