床土是供给幼苗生长发育所需要的水分、营养和空气的基础。幼苗生长发育的好坏与床土的质量有密切的关系。优良的床土应当富含有机质，具有高度的保水性和通透性，以及适宜的pH和碳氮比等，菜农自行育苗，应选择地势较高、排灌方便、通风条件好且未种过茄果类蔬菜的地块，用充分腐熟的有机肥料与不带任何病原菌及虫害的田土按比例配制床土，即培养土，以改善床土理化性质，提高土壤肥力。
(1)苗床土的配制 苗床土配制应根据当地条件灵活掌握。草炭是目前番茄育苗床土配制的好材料之一，它质轻孔隙度大，有机质含量高且资源丰富，大有应用潜力。另外，稻壳、炉渣、土杂肥、马粪等均可用作配制苗床土。森林腐叶土又称山皮土，是森林中堆积的多年腐烂枯枝败叶及杂草残体与地表土的混合物，有机质含量丰富，过筛后可直接与园土等混合配制床土，不需经发酵过程，是一种良好的速成床土。
(2)床土消毒 播种前对床土进行消毒，对防治苗期病虫害起着重要作用，其目的是以防为主，防治兼并。结合我国生产实际，床土消毒最直接也是最常用的方法就是药剂消毒。常用药剂有0.5％的福尔马林、65％的代森锌粉剂、50％的多菌灵粉剂及氯化苦、溴甲烷等药剂。
①福尔马林消毒 可防治猝倒病和菌核病，用0.5％的福尔马林喷洒床土，混拌均匀，然后堆放并用塑料薄膜封闭5—7天，揭开薄膜使药味彻底挥发后方可使用。
②代森锌或多茵灵粉剂消毒 用65％的代森锌粉剂，每立方米苗床土用药80克，或50％的多菌灵粉剂，每立方米用药40克，与苗床土充分拌匀后用塑料薄膜盖2—3天，撤掉薄膜，药味彻底挥发后使用，有一定防病效果。
③物理消毒法 有蒸汽和微波消毒等。欧美和日本常用蒸汽消毒床土，用于防治猝倒病、立枯病、枯萎病、菌核病和黄瓜花叶病等，防效良好。如荷兰用蒸汽把土温提高到90-100℃，处理床土半小时。蒸汽消毒的床土在土温降下去以后就可以使用，消毒快，又没有残毒，是很好的消毒方法；微波消毒是用微波照射土壤，能杀灭草、线虫和病菌。如美国研制的功率30千瓦高波发射装置和微波发射板组成的微波消毒机，机具前进速度为9.2—0.4公里／小时，这是一种行走式的微波消毒机，工作效率极高。