用来冬储的番茄是从秋延后栽培的大棚内采收的绿熟期果实。绿熟期番茄怕低温，在8℃以下的温度条件下存放一定时间就会受冻，表面出现水渍状凹陷斑，果蒂周围变成浅褐色，湿度大时产生白霉、青霉或黑霉。冻害严重时，番茄水分外渗，整个果实呈半透明水渍状腐败。
实践证明，应先将绿熟期番茄果实放在10～14℃条件下缓慢红熟，然后放在5～7℃条件下储藏，期间空气相对湿度保持在85%～90%，湿度过低会造成果实过度失水、果皮皱缩、香味变淡。现将常用的番茄冬季储藏保鲜方法介绍如下。
阳畦储藏法在畦内铺麦秸或稻草等保温材料，将绿熟期果实摆在上面，厚度15～20厘米，上盖塑料薄膜，保持膜内温度在12～14℃，不能低于10℃，遇连续晴天畦温升高，可盖草帘遮阳。随着果实成熟，随时挑选上市，或移入5～7℃条件下储藏。
室内储藏法在能够保持温度不低于8℃房间内的地面先铺稻草或麦秸，再铺一层塑料薄膜，将绿熟期果实摆在膜上，厚20厘米左右，然后用塑料薄膜覆盖。果实成熟后温度降至5～7℃。