番茄生产过程中，会因枯萎病、青枯病和生理性缺水等引起植株萎蔫，应积极采取措施预防和补救。
因生理性缺水造成番茄茎秆中空和萎蔫的现象多发生在低温季节，主要由根系生长不良引起。番茄根系生长最适土温为20～22℃，9～10℃时根毛停止生长，土温降至5℃时根系吸收水分、养分的能力受阻，如果此时放晴，棚温迅速升高，根系却难以迅速吸水，从而造成植株萎蔫。通常在气温稳定回升，根系恢复正常后症状会减轻。
因枯萎病和青枯病引起的植株萎蔫则不同，往往会给番茄生产带来极大的危害。二者的主要区别在于：一是病菌不同，青枯病是细菌性病害，枯萎病是真菌性病害。二是发病生育期不同，青枯病多在株高30厘米时开始发生，而枯萎病一般在开花结果期开始发生。三是萎蔫现象不同，青枯病株白天萎蔫、傍晚恢复，而枯萎病株白天萎蔫、傍晚不恢复。四是病程不同，青枯病病程进展迅速，严重的病株经7～8天即死亡，而枯萎病病程进展缓慢，病株一般要经15～30天才枯死。五是青枯病病株枯死后叶片仍保持绿色，而枯萎病病株枯死后叶色变黄。六是横切病茎用手挤压或经保湿，青枯病病株的切面会溢出白色菌液，而枯萎病病株则没有。
预防番茄茎秆中空和萎蔫的措施主要有：（1）冬春季栽培番茄时，应注意保护和促进植株根系生长。主要措施：加强保温；不偏施氮肥，适当施用富含微量元素的叶面肥；可施用促根剂；阴雨天过后或光照强烈时，覆盖物应逐渐去除。（2）加强病害监测，早防早治。青枯病可用6%春雷霉素可湿性粉剂300～400倍液，或72%农用硫酸链霉素可湿性粉剂500倍液，或普力克72.2%霜霉威盐酸盐水剂800～1000倍液等灌根防治。枯萎病可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂800～1000倍液等灌根防治。