育苗在西红柿生育期中起着非常关键的作用，“苗好三成收”，苗育好了，不仅病虫害少，而且产量高。但一些菜农在育苗时不注重育苗消毒措施，湿度温度掌握不好，致使西红柿苗病害多，还容易徒长，影响花芽分化，致使畸形花果较多。要想育好苗，应注意以下几点：
1.育苗时间：一般在12月下旬到1月上旬播种育苗(冀中南地区)。
2.种子消毒：一般亩用种量30～50克。播前晒种2天，提高发芽率。用55℃温水烫种15分钟，保持温度向一个方向搅拌，然后加冷水降至35℃浸种6～8小时。为防止病毒病的发生，可再用10%磷酸三钠溶液浸40～50分钟，然后清水冲洗净种皮黏液，沥干水分，晾干后即可播种。
3.苗床建立：每亩需苗床10平方米，施充分腐熟的有机肥100公斤、勇壮肥500克、可杀得叁千100克，撒匀浅翻12厘米，整平苗床，浇透水。苗床土消毒用速治宁(58%甲霜·锰锌)或喜多生(70%丙森锌)与70%兴农征露(甲基硫菌灵)1：1混合，按每平方米用药10克与5公斤过筛细土搅拌均匀，播种时2/3的营养土找平苗床，做垫土，然后均匀撒种，播后，1/3的土盖种，厚度0.8～1厘米。为促进早出土，应用塑料膜将苗床覆盖，保持白天温度30℃左右，最高32℃，待有1/3苗子出土时，将塑料膜去掉，齐苗后把温度降到25℃左右，防止徒长。苗齐后用易保(68.75%恶唑菌酮.锰锌)10克或喜多生(70%丙森锌)30克加免劳露(72.2%霜霉威盐酸盐)20毫升对水15公斤反复喷淋幼苗，防治苗期立枯病、猝倒病、早疫病。
4.分苗：幼苗长到二叶一心时是分苗的关键时期。提前配好营养土，配1立方米营养土用大田表土(去掉表层5厘米土，避免除草剂残留)60%、腐熟有机肥40%、海状元生物菌肥10公斤、喜多生(70%丙森锌)90克、勇壮500克，充分搅拌均匀装钵。分苗前将西红柿幼苗用1000倍海精灵蘸根。分苗后3天内温度管理到28℃～30℃，缓苗后温度管理到22℃～25℃。注意分苗前喷淋1次750倍液免劳露(72.2%霜霉威盐酸盐)预防猝倒病，缓苗后用勇壮500倍液+特优根500倍液进行灌根，防治立枯病同时刺激西红柿苗多生根。
5.促进花芽分化：西红柿的花芽分化是从第三片真叶开始，到第九片真叶结束，基本上到第七片真叶的时候，前三穗果都已经分化完了。如果花芽分化不好，后期出现畸形花和畸形果，因此苗期花芽分化得好坏直接决定前期产量，为促进花芽分化，在3～5个真叶时喷施花果多25克+海精灵8克可以促进花芽分化。
6.苗期病虫害：虫害重点防治白粉虱、蚜虫、斑潜蝇，用70%吡虫啉5克加40%万灵10克对水15公斤喷雾。苗期主要病害有病毒病和茎基腐病，防治病毒病要在3～4片真叶时用4%宁南霉素25毫升+康朴锌4毫升+龙灯优多硼15毫升+海精灵8克+蜂蜜100毫升对水15公斤喷雾；防治茎基腐病可在定植前2天用抑快净(52.5%恶唑菌酮·霜脲氰)9克+可杀得叁千10克+海精灵8克对水15公斤喷淋苗床。
7.定植苗标准：苗龄90天左右，主茎紫色、绿色各占一半，70%带花蕾，茎粗0.6厘米，根系发达无病虫害。