番茄缺素一般表现为植株生长缓慢，叶片褪绿，果实发育不良，结果数减少，严重时果底腐烂或产生斑点。
缺氮 首先出现在下部叶片,自下而上叶片失绿;叶色浅绿,老叶发黄,严重时老叶脱落；黄化从叶脉开始,而后扩展到全叶；叶小,上部叶更小；茎短而细,下部茎、叶柄和叶脉出现紫红色；着果少,过早膨大,果实小,出现空洞果;整个植株矮小。可将碳酸氢铵或尿素等混入10至15倍的腐熟有机肥内或含腐殖酸复合肥，施于植株两侧后覆土浇水。
缺磷 苗期缺磷植株生长缓慢,叶片小并变紫,茎细长、富有纤维,后期出现卷叶,结果延迟。有时土壤中磷的含量不低,但因干旱、低湿阻碍了根系的吸收能力,也会表现缺磷症状。因磷在土壤中移动性小,易被土壤胶体固定,幼苗期需磷量又较大,故在栽培中磷肥应底施、深施,还应同充分腐熟的有机肥混合后,采用开沟集中施,可大大提高利用率。发现植株缺磷后，也可用0．2%至0．3%的磷酸二氢钾溶液叶面喷施进行补救。
缺钾 番茄是需钾较多的作物。缺钾时,尽管叶脉保持绿色,但主脉之间的叶片组织褪绿,叶片卷曲呈赤绿色。严重时,沿叶缘发生灼伤。缺钾时,症状先出现在老叶上,因降低了果实中酸的含量,同时也可引起果实内部褪色。有时虽然土壤中不缺钾,但由于中后期的根系吸收能力减慢,不能提供足够钾素供给果实发育和植株生长。若植株根系较发达,那么缺钾症状推迟出现。栽培上,应重视将钾肥作基肥、追肥和根外追肥相结合,确保中后期钾素的供应。也可用0．2%至0．3%的磷酸二氢钾溶液叶面喷施。
缺钙 缺钙会引起幼果脐部腐烂,即脐腐病。症状初为水渍状暗褐色斑点,随果实长大病斑逐渐扩大发展成下陷褐色或黑色坏死区域。潮湿时,斑上生有黑色霉状物,属典型的生理性病害。干旱、土壤中盐离子浓度过高以及植株根部受病虫危害,或水分过多,施用氮肥过多,刺激植株生长,消耗了果实有用的钙,有助于该病的发生。
可在番茄生长期或发现植株缺钙时，用0．3%至0．5%的氯化钙水溶液叶面喷施，每隔3至4天喷施1次，共喷2～3次。
缺铁 铁元素在番茄生长发育中起着重要作用。铁不足使叶片褪绿,但叶脉包括小分枝的叶脉仍为绿色,特别是碱性土壤阻碍铁的吸收。栽培番茄时,应注意配施铁肥,但不宜过量。一般每亩用硫酸亚铁2.5～8公斤作基肥,叶面喷施浓度为0.2%～1%的水溶液,在整个生育期中喷施2～3次。
缺锌 锌不足,会使叶片变黄,后发生黑色斑点或变紫。缺锌严重会阻碍植株生长,所以必须补锌。植株生长期用浓度为0.02%～0.1%的硫酸锌水溶液,每7～10天喷一次,连喷2～3次,或在定植时,每亩施用硫酸锌3～5公斤作基肥,以保证植株生长发育对锌的需求。