韭菜的主要病害有：病害以灰霉病、疫病、霜霉病等为主。
(1)物理防治：糖酒液诱杀：糖、醋、酒、水和90%敌百虫晶体按3：3：1：10：0.6比例配成溶液，每亩放置1～3盆，随时添加，保持不干，诱杀种蝇类害虫。
(2)药剂防治：
生产中应禁止使用在蔬菜中禁用和限用农药品种，在使用化学农药时，应执行国家农药使用标准。农药使用时要合理混用，轮换交替使用不同作用机制或具有负交互抗性的药剂，克服和推迟病虫害抗药性的产生和发展。
①灰霉病：每亩用10%腐霉利烟剂260～300克，分散点燃，关闭棚室，熏蒸一夜；或用6.5%多菌.霉威粉尘剂，每亩用药1千克，7天喷一次。晴天用40%二甲嘧啶胺悬浮剂1200倍液，或65%硫菌.霉威可湿性粉剂1000倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1000～1600倍液喷雾，7天一次，连喷2次。
②疫病：用5%百菌清粉尘剂，每亩用药l千克，7天喷一次。
发病初期用60%甲霜铜可湿性粉剂600倍液，或72%霜霉威水剂800倍液，或60%烯酰吗啉可湿性粉剂2000倍液，或72%霜脲.锰锌可湿性粉剂，或60%琥.乙磷铝可湿性粉剂600倍液灌根或喷雾，10天喷(灌)一次，交叉使用2～3次。
③锈病：发病初期，用16%三唑酮可湿性粉剂1600倍液，隔10天喷一次，连喷2次。也可选用烯唑醇、三唑醇等。
