香葱主要虫害有葱蓟马和甜菜夜蛾，防治葱蓟马可用33%水灭氯500倍液或20%好年冬1000―2000倍液喷施。到7―8月份，最好在傍晚用20%米满悬浮剂1000倍液防治幼龄甜菜夜蛾。因为甜菜夜蛾3―4龄后，其食量大增，其食量大增，且会啃穿葱管后进入葱管内取食留下表皮，一夜之间即造成大面积叶片孔洞，再加上香葱表面附有蜡粉，药液不易沾着，因而采用农药防治效果甚微。在使用农药时应加入等量或半量的消抗液，但最好的方法还是用黑光灯诱杀成虫，虫口日减少率可达70%左右。
香葱的病害有灰霉病和疫病，常用药剂有抗枯灵800倍液和64%杀矾矾可湿性粉剂600倍液。具体生产上以防为主，在耕整土地时撒施生石灰，可有效减轻病虫害的发生。
