对彩色马蹄莲块茎收获时间的选择也是非常重要的。老的块茎需完全被白色的新块茎替代。如果将块茎收获的太早，它们容易变硬而石化。在收获过程中操作应十分小心。收获后，将叶片切除，在块茎上留3厘米。其他的信息见前面的概述。
细菌病害
欧氏菌：欧氏菌病害也称软腐病，是由胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜软腐致病变种引起的。被感染的叶片和茎变为深绿色，有坏死斑和腐斑，并分泌粘液，最终植株倒掉。块茎同时也开始腐烂，并有恶臭。当植株生长不良时，可通过一些小的伤口造成感染。这些细菌也可分泌一些酶来溶解细胞壁而穿透植株。如果植株干燥，被感染的植株和其生长的土壤应小心地移掉。应注意在种植前需将那些被感染的块茎尽早挑出来，并进行消毒预防。对欧氏菌感染的敏感程度也因品种的差异有所不同。一般来说，黄色和橙色的品种比白色和奶油色的品种容易感染。最好的控制方法是在栽培时，自始至终为植株提供一个最佳的生长环境，使其能够保证不受干扰地进行发育。正如前面所提到的，应达到以下的要求：
-提供足够的水分（不要种植的太浅；当土壤变干时再浇水）；
-土壤的排水性能要好，以防止过湿情况的发生；
-避免温室中的温度过高，特别是相对湿度大时；
-防止植株和块茎受损伤（防止风对植株的损伤，注意不要让除草剂影响植株的生长，在收获和处理时的操作要小心）；
-防止其他真菌病害和虫害造成的损伤。（例如由腐霉菌或丝核菌引起的损伤可能为欧氏菌的侵入提供一个港口）；
-不要过多的使用氮肥，因为每公顷超过150公斤的氮肥用量很容易引起欧氏菌的感染。
-块茎收获后应尽快干燥：收获后在头一周内有时间延误的话，会造成以后大量的损失。
真菌病害
腐霉菌：该真菌会引起根部的腐烂，导致植株对水分的吸收受到限制。进行轮作和精确的灌溉（以及排水）是预防感染的重要因素。在种植前对土壤进行蒸汽消毒并用杀菌剂处理。
丝核菌：该真菌在近地面处对植株的芽造成损伤。可使用甲基立枯磷和氟酰胺来处理土壤对该菌进行控制。
青霉菌：该菌在块茎储藏时可造成感染，造成块茎在储藏时和储藏后的损坏，特别是当块茎受过机械损伤、储藏室相对湿度过高或微环境中空气流动不足时容易发生。提供足够的空气流动可防止该病菌的发生。还可使用杀菌剂对块茎进行消毒，如克菌丹。
灰霉菌：可在花和叶片上发生。在露天栽培时每隔10天进行杀菌剂和杀虫剂结合的预防是有必要的。灰霉菌的感染在叶片上几乎都表现为形成小的斑点。在8月低或9月初只打一次要进行预防就已经足够了。
虫害
蓟马和蚜虫在植株的整个生长过程中都会造成伤害。在采花前用对硫磷喷洒两次，在栽培过程中，每隔7-10天可使用乙酰甲胺磷或溴氰菊酯进行预防。
